Позднее его обвинители утверждали, что в первый же год своего служения он повторил сомнения Виклифа относительно исчезновения хлеба и вина из освященных элементов Евхаристии. Несомненно, он читал некоторые работы Уиклифа; он сделал с них копии, которые до сих пор существуют с его примечаниями; и на суде он признался, что сказал: «Виклиф, я верю, будет спасен; но если бы я думал, что он будет проклят, я бы хотел, чтобы моя душа была с его душой».3 В 1403 году взгляды Виклифа настолько распространились в Пражском университете, что капитул — административное духовенство собора — представил магистрам университета сорок пять выдержек из сочинений Виклифа и попросил запретить эти доктрины в университете. Несколько магистров, включая Гуса, ответили «нет»; но большинство постановило, что впредь ни один член университетского коллектива не должен ни публично, ни в частном порядке защищать или придерживаться какой-либо из сорока пяти статей.
Гусс, видимо, проигнорировал этот запрет, так как в 1408 году духовенство Праги обратилось к архиепископу Збынеку с просьбой об обличении. Архиепископ действовал осторожно, находясь в то время в конфликте с королем. Но когда Гус продолжал выражать симпатию к взглядам Виклифа, Збынек отлучил его и нескольких соратников от церкви (1409), а когда они продолжили исполнять свои священнические обязанности, он наложил интердикт на всю Прагу. Он приказал выдать ему все сочинения Виклифа, которые можно было найти в Богемии; ему привезли 200 рукописей, и он сжег их во дворе своего дворца. Гусс обратился к новоизбранному папе Иоанну XXIII. Иоанн призвал его предстать перед папским судом. Он отказался.
В 1411 году папа, желая получить средства для крестового похода против Ладисласа, короля Неаполя, объявил о новом предложении индульгенций. Когда об этом объявили в Праге, и папским агентам показалось, что реформаторы продают прощение за монету, Гус и его главный сторонник, Иероним Пражский, публично проповедовали против индульгенций, ставили под сомнение существование чистилища и протестовали против того, что церковь собирает деньги на пролитие христианской крови. Опустившись до витиеватости, Гусс назвал Папу Римского жадным до денег и даже антихристом.4 Значительная часть общественности разделяла взгляды Гуса и подвергла папских агентов таким насмешкам и оскорблениям, что король запретил любые дальнейшие проповеди и действия против предложения индульгенций. Трое молодых людей, нарушивших этот указ, предстали перед городским советом; Гусс выступил в их защиту и признал, что его проповедь возбудила их; они были осуждены и обезглавлены. Папа объявил Гусу отлучение от церкви, а когда Гус проигнорировал его, Иоанн наложил интердикт на все города, где он мог остановиться (1411). По совету короля Гус покинул Прагу и в течение двух лет оставался в сельском уединении.
В эти годы он написал свои основные работы, некоторые на латыни, некоторые на чешском, почти все под влиянием Виклифа, а некоторые, возможно, повторяя ереси и антиклерикализм, которые остатки вальденсов принесли с собой в Богемию в XII и XIII веках. Он отверг поклонение образам, ушную исповедь и множественные вычурные религиозные обряды. Он придал своему движению народный и националистический характер, осуждая немцев и защищая славян. В трактате «О торговле святыми вещами» он выступил против симонии духовенства; в «De sex erroribus» он осудил взимание священниками платы за крещение, конфирмацию, мессу, брак или погребение; он обвинил некоторых пражских клириков в продаже освященного масла; и он принял мнение Виклифа, что священник, виновный в симонии, не может законно совершать таинства.5 Его трактат De ecclesia стал его апологией и его гибелью; с его страниц были взяты ереси, за которые он был сожжен. Он последовал за Уиклифом в предопределении и согласился с Уиклифом, Марсилием и Оккамом в том, что Церковь не должна иметь мирских благ. Как и Кальвин, он определял Церковь не как духовенство и не как все тело христиан, а как совокупность спасенных на небе или на земле.6 Христос, а не папа, является главой Церкви; Библия, а не папа, должна быть руководством для христианина. Папа не является непогрешимым, даже в вопросах веры и морали; сам папа может быть закоренелым грешником или еретиком. Принимая легенду, широко известную в то время (даже у Герсона), Гус много говорил о мнимой папе Иоанне VIII, которая (согласно легенде) открыла свой пол, родив ребенка на улицах Рима без предупреждения.7 Папе, заключал Гусс, следует повиноваться только тогда, когда его повеления соответствуют закону Христа. «Восстать против заблуждающегося папы — значит повиноваться Христу».8