Второй этап земельной реформы начался в 1996 г., когда Госкомзем (переименованный в Комитет по земельным ресурсам и землеустройству), понимая, что бросать начатое на полпути нельзя, подготовил новую программу земельных реформ. Это была попытка перезапустить процесс в новых условиях. Но эта программа не была реализована, поскольку ситуация в стране изменилась. Напомним, что в 1996 г. прошли достаточно сложные для Б.Н. Ельцина президентские выборы, для обеспечения выигрыша в которых властная либеральная элита уступила крупному финансовому капиталу наиболее рентабельные государственные сырьевые активы (практика «залоговых аукционов»). Те политики и бизнесмены, которые считали себя причастными к победе Б.Н. Ельцина, начали лихорадочно конкурировать в дележе бюджетных ресурсов. Когда стало понятно, что денег не хватает, уже утвержденные программы подверглись пересмотру и секвестру со стороны Минэкономразвития, в том числе программа земельной реформы, – государственное финансирование выделения паевых земель было практически прекращено.
Основные проблемы, не решенные в ходе предыдущего этапа земельной реформы, сводились к тому, что земельные доли не выделены, не консолидированы, не оформлены. Неопределенность прав собственности на землю отрицательно влияла на состояние сельского хозяйства. Нельзя было получить заемных денег, массовыми явлениями стали земельные споры, захват земель, спекуляция, мошеннические схемы, деградация, зарастание земель. Доведение реформ до логического конца представлялось жизненно необходимым.
В это время Госкомзем как раз переживал смену руководства. В 1997 г. прежнего руководителя Комитета Н.В. Комова, выходца из ученой среды (академик Российской академии сельскохозяйственных наук) и последовательного защитника интересов аграриев, сместил И.А. Южанов, соратник А.Б. Чубайса, облеченный его особым доверием. Новый руководитель Комитета был профессиональным чиновником из Санкт-Петербурга, ориентированным в земельном вопросе на либеральную парадигму, предполагающую сохранение за государством только учетно-наблюдательных функций.
В мае-августе 1998 г. Госкомзем объединили с Роскартографией и ЖКХ, создав общее Министерство по земельной политике, строительству и жилищно-коммунальному хозяйству, руководителем которого назначили И.А. Южанова. В качестве новоиспеченного министра он дал интервью «Российской газете» (июнь 1998 г.), где четко определил: «
Ввиду наличия бюджетных ограничений на министра легла ответственность выбора между двумя курсами реформ: либо продолжать и завершать земельную реформу, либо реформировать земельный кадастр. Эксперты-землеустроители защищали земельную реформу, убеждая, что ее завершение со временем принесет доходы. Но был выбран кадастр. Выбор этот был обусловлен тем, что министр нового суперминистерства плохо представлял себе суть и назначение землеустройства. В качестве руководителя петербургского земельного комитета он занимался лишь учетом и кадастром земель, считал это основой развития институтов земельной сферы.
В этом была своя логика. Для развития земельного рынка нужен был, конечно, технологичный кадастр, позволяющий оперативно фиксировать сделки и закреплять права. Старый кадастр, ведущийся в бумажной форме и перегруженный содержательной информацией о качестве и состоянии земель, уже не справлялся с возросшим объемом количества земельных участков и частоты сделок, что тормозило рыночную динамику. Это был один из тех подводных камней, который первоначально не был учтен реформаторами.
Вторая половина 1990-х годов ознаменовалась событием, катастрофически повлиявшим на сферу земельных отношений. В 1997 г. вышло решение Правительства о приватизации системы землеустроительных проектных институтов (Гипроземов). До этого землеустроительные институты числились в перечне объектов, не подлежащих приватизации, их работа финансировалась из госбюджета. В ходе приватизации Гипроземы должны были передать свои архивы в областные земельные комитеты. Гипроземы превратили в акционерные общества и продали. Покупали их в основном в расчете на получение зданий – реального актива, которым можно пользоваться или продать. Именно этот актив чего-то стоил на рынке. Все остальное просто не бралось в расчет. Архивы – ценнейшие землеустроительные документы (карты, проекты) новыми владельцами зачастую просто вывозились на свалку. По прошествии многих лет за остатками этих материалов ведется настоящая охота.