Снова о вспомогательных крейсерах заговорили через несколько лет с началом русско-японской войны 1904–1905 гг. Руководство российского флота всегда много внимания уделяло вопросам океанских крейсерских операций. В феврале 1904 г. на специальном совещании в Морском министерстве приняли решение о начале активных крейсерских операций с целью уничтожения или нарушения рыбных промыслов Японии, перехвата контрабандных грузов и отвлечения части японского флота от основного театра военных действий у Порт-Артура. Но из состава Добровольного флота для этих целей подходили только пароходы «Петербург» и «Смоленск», в связи с чем за границей закупили несколько быстроходных судов, вошедших в строй под названиями «Дон», «Урал», «Терек» и «Кубань». Первоначально «Петербург» и «Смоленск» действовали в Красном море, задержав при этом несколько британских и германских пароходов с контрабандным грузом для Японии. Однако, факт того, что эти крейсера вначале прошли через Босфор и Дарданеллы под видом торговых судов, и только затем были официально зачислены в состав российского ВМФ, чуть не привело к разрыву дипломатических отношений между Россией и Британией. Поэтому арестованные суда пришлось отпустить. Операции вспомогательных крейсеров «Дон», «Урал» и «Терек» у северо-западного побережья Африки и у Гибралтарского пролива не принесли никаких положительных результатов, равно как и крейсера «Лена» на Тихом океане. При этом следует отметить, что действия этих кораблей очень осложнялись многочисленными ограничениями и запретами, а также крайней нерешительностью российского руководства. Затем пять вспомогательных крейсеров «Днепр» (б. «Петербург»), «Рион» (б. «Смоленск»), «Кубань», «Терек» и «Урал» вошли в состав Второй тихоокеанской эскадры. Во время перехода на Тихий океан они активно привлекались для несения сторожевой службы и ближней разведки. По прибытии на театр военных действий первые четыре отделились от эскадры, и ушли для проведения крейсерских операций на торговых коммуникациях противника, достигнув при этом минимальных результатов. «Урал» же остался с эскадрой и разделил ее судьбу, погибнув во время Цусимского сражения.
В составе японского флота также имелось около двух десятков вспомогательных крейсеров, которые занимались сторожевой и патрульной службой, а также выполняли функции разведчиков при эскадре. При этом им удалось захватить несколько русских торговых судов. Наиболее известным стал «Синано-Мару», который первым из японских кораблей вошел в контакт с Второй тихоокеанской эскадрой перед Цусимским сражением.
Окончательно вопрос со статусом вспомогательных крейсеров был решен на Второй Гаагской мирной конференции 1907 г. Одна из принятых конвенций статей специально посвящалась переоборудованию торговых судов на вспомогательные крейсера. В ней говорилось следующее: переоборудованный корабль обязан нести соответствующий вымпел и кормовой военно-морской флаг; он должен принадлежать воюющей державе, флаг которой он несет; его командир должен быть назначен государством и его фамилия должна значиться в соответствующих списках офицеров флота; его команда должна подчиняться воинской дисциплине; он должен соблюдать законы и обычаи ведения войны; его наименования должно быть внесено в список кораблей ВМФ.