Германия также надеялась вынудить Англию к миру с помощью подводной войны и действий надводных кораблей-рейдеров против британского торгового судоходства. Однако от тактики надводного рейдерства пришлось отказаться после того, как британскому флоту, хотя и с большим трудом и ценой потери линейного крейсера «Худ», удалось выследить и потопить крупнейший немецкий линкор «Бисмарк» 27 мая 1941 года. Его гибель как раз совпала по времени с захватом германскими десантниками Крита. Турецкий министр иностранных дел так прокомментировал эти события: «У англичан еще много островов, разбросанных по всему миру, а второго «Бисмарка» у немцев не будет». Для строительства крупного надводного флота, в том числе совершенно необходимых для успешного ведения войны на море авианосцев, у Германии не было ни времени, ни средств, поскольку основные мощности промышленности использовались для нужд сухопутных сил и авиации. Единственный немецкий авианосец «Граф Цеппелин» так и остался недостроенным. В подводной же войне в первые годы Германии удалось достичь впечатляющих успехов. Число подводных лодок, постоянно участвующих в боевых походах, было увеличено с 10–15 осенью 1940 года до 35–40 летом 1941 года и оставалось на этом уровне почти всю войну. Кульминации подводная война достигла в марте 1943 года, когда в Атлантике германские подлодки потопили неприятельские суда общим тоннажем около 0,5 миллиона брутто-регистровых тонн, а на других морях – еще около 200 тысяч брт. Однако в дальнейшем широкое использование авиации и радаров помогло союзникам справиться с подводной угрозой. Американская судостроительная промышленность увеличила свои мощности и смогла компенсировать потери торгового судоходства. Количество уничтоженных подлодок стало стремительно увеличиваться. Так, в июне 1943 года немцы потеряли 21 подводную лодку, а в июле – уже 33. Тоннаж же потопленных судов уменьшился и в 1944 году редко когда превышал 100 брт в месяц. Всего за годы войны немецкие подводные лодки потопили 3000 союзных судов водоизмещением около 14,5 миллиона брт, а также 178 военных кораблей и 11 вспомогательных крейсеров. Погибло около 70 тысяч военных моряков и около 30 тысяч моряков торгового флота союзников. За это же время в Англии было построено новых торговых судов общим водоизмещением в 4,5 миллиона брт, а в США – около 35 миллионов брт, что в сумме почти втрое превышало потопленный тоннаж. Из 1153 подводных лодок, поступивших на вооружение германского флота, 659 лодок было потоплено в море, 63 стали жертвами бомбардировок в гаванях, а еще 58 погибли в результате аварий. Из уцелевших к концу войны лодок 219 были затоплены экипажами после капитуляции, а 154 переданы союзникам. Из примерно 40 тысяч немецких подводников около 24 тысяч погибли, а 5 тысяч попали в плен.
В последние месяцы войны были введены в строй новейшие германские подлодки XXI проекта. Они обладали подводным ходом в 17,5 узла – почти вдвое большим, чем любые другие подлодки в мире. Пользуясь шнорхелем – устройством для подзарядки аккумуляторных батарей – и электротурбинами, работавшими без подачи атмосферного воздуха, эти лодки могли проплывать до 10 тысяч миль, ни разу не всплывая на поверхность. Кроме того, к концу войны в боевых действиях приняли участие легкие подлодки с электродвигателями, так называемые «тюлени» (XXIV проект), развивавшие подводную скорость до 24 узлов. Если бы эти лодки были созданы годом-двумя раньше, то, как считают многие военно-морские эксперты, исход подводной войны мог бы быть иным.
Летом 1940 года, вследствие германских успехов, даже антифашистски настроенные немцы готовы были признать выдающиеся достижения Гитлера. Так, дипломат Уве фон Хассель писал в дневнике: «Никто не в состоянии оспаривать величие, достигнутое Гитлером. Но это не меняет внутренний характер его деяний и не умаляет тех ужасных опасностей, которые угрожают нашим высшим ценностям. Демонический Спартак может только разрушать…» Тех, кто не верил в конечную победу Гитлера, в тот момент в Германии почти не осталось. Даже его противники, хотя и продолжали подпольную борьбу, мало верили в ее успех.