На Соборах 1590 и 1593 в Константинополе патриархи вост. правосл. церквей признали за русским патриархом пятое по чести место в диптихе Поместных православных церквей и все права предстоятеля автокефальной церкви. В речи к Собору 1593 патриарх Александрийский Мелетий объяснил, что вопрос о Русском Патриаршестве решается ясно и непререкаемо на основании правил Вселенских соборов. Так, в свое время отцы IV Вселенского собора установили, что Римская кафедра обязана своим возвышением столичному положению города. На этом же основании решили почтить равным преимуществом и Константинопольскую кафедру. То же применимо и к Москве — «третьему Риму».
Московский Патриарх должен был занимать место после Иерусалимского. Поставлялся он собором епископов РПЦ. Избрание осуществлялось либо в форме открытого голосования, либо посредством жребия. Последняя форма возобладала после смерти патриарха Филарета (1634). Учреждение Московского патриаршества возвысило перед лицом всего христ. мира Русскую церковь и ее главу. В сознании правосл. людей Патриарх являлся носителем особого, наивысшего св. сана. Помимо церк. — канонич. прав Патриарх имел еще особый иерархический авторитет, поскольку в его лице воплощалось живое единство Поместной церкви. Первые русские патриархи играли весьма заметную роль в политич. жизни, т. к. их патриаршество по времени совпало с важными историческими событиями.
Со смертью царя Федора Иоанновича в 1598 пресеклась мужская линия династии Рюриковичей, начался период государственных нестроений, известный в истории России как Смутное время. Патриарх Иов сыграл заметную роль в избрании русским царем Бориса Годунова. Во время польской интервенции он смело обличал Лжедмитрия, за что и был свергнут с патриаршего престола после захвата Москвы поляками. Мужественно вел себя и патриарх Гермоген, отстаивая перед толпой недовольных В. Шуйского. Когда народное ополчение Козьмы Минина под водительством князя Дмитрия Пожарского выступило к Москве, Первосвятитель Русской церкви обратился к народу с посланием, в к-ром призывал крепко стоять в вере и помышлять лишь о том, как «души свои положити за дом Пречистой, и за веру». Патриарх Гермоген благословил русских людей на освободительный подвиг.
В допетровской Руси Патриарх был проповедником идеи церковности, к-рая освящала всю русскую жизнь, включая и государственное строительство. Он принимал непосредственное участие в земских соборах, все постановления крых начинались словами: «По благословению отца нашего Патриарха…» Согласие государя созывать земские соборы и выслушивать их мнение основывалось на том, что и сам царь, и народ одинаково преклонялись перед духовным авторитетом Патриарха.
Когда был избран царем Михаил Федорович Романов, его отец, Патриарх Филарет (1619–1633), помог сыну собрать и восстановить разоренное интервенцией Московское гос-во.
Дальнейшие события, однако, показали непрочность исторического воплощения идеи симфонии церкви и гос-ва. Спустя несколько десятилетий сын царя Алексея Михайловича император Петр I, стремившийся превратить Русскую церковь в инструмент, послушный государственной власти, принял решение о замене патриаршества псевдособорным коллегиальным управлением.
14 февр. 1721 состоялось открытие Духовной коллегии, преобразованной на том же заседании в Святейший Правительствующий Синод. В Русской церкви не стало законного с точки зрения канонов первоиерарха. При Синоде была утверждена должность оберпрокурора. По инструкции 1722 он являлся «оком государевым и стряпчим в делах государственных». Новоназначенные члены Синода должны были произносить верноподданническую присягу, в к-рой провозглашали монарха «крайним судиею духовной сей коллегии». Все сношения между государственной властью и Синодом могли осуществляться только через обер-прокурора, имевшего свою канцелярию, организованную по типу министерских.
Идея восстановления патриаршества получила широкое распространение среди иерархов, богословов и церковнообщественных деятелей во вт. пол. 19 в. и особенно в нач. 20 в. В 1905 члены Синода подали императору Николаю II докладную записку о необходимости созыва Собора для избрания Патриарха и иных преобразований в церк. жизни. Резолюция царя гласила, что столь великое дело, как Поместный собор, нельзя осуществлять в переживаемое тревожное время.
Всероссийский Поместный собор открылся в не менее тревожное время 15 авг. 1917. По словам Святейшего Патриарха Тихона, он «воплотил в своих деяниях мечты и чаяния лучших сынов Русской Церкви: и архипастырей, и верующих мирян, которые жили мыслью о возобновлении соборной жизни Церкви, но не дожили до этого счастливого дня».
28 окт. 1917 Поместный собор принял постановление, крым определялось, что в Русской Православной церкви восстанавливается патриаршее управление. Церковь возглавляется Патриархом, к-рый является первым по чести среди равных ему по благодати епископов.