Главная причина второго раскола упиралась в правовой статус отцов (руководителей) церкви и в систему их субординации, которую христианское учение (например, в священном даре) однозначно трактовало как различия между разными рангами. Западная латинская церковь, рассматривая епископа в качестве назначенного наместника- представителя Рима (папы), утверждала принцип юридического примата власти папы, а именно придавала ей значение высшей, решающей инстанции в вопросах веры и морали, в то время как восточная церковь хотела бы ограничить привилегии папы чисто моральным почитанием, рассматривая его как «первого среди равных» («primus inter pares»), а в остальном все права и компетенции в решении конкретных вопросов передать самостоятельным патриархам.
Вопрос о границах авторитета Папы был главным и при третьем расколе, при котором протестантская сторона, обращаясь к Библии, стремилась доказать, что установившаяся монополия Папы и идея послушания ему противоречат священному Завету. Установка на свободу христиан, которые в своей вере не должны подчиняться никаким церковным авторитетам, создавала предпосылки для такого устройства церкви, которое, вообще, не предусматривало никаких священников, никаких епископов, и тем самым не признавала различий между клерикалом (клиром) и простыми прихожанами, в то время как в католической и в православной церкви эти различия принципиальны и весьма существенны.
Многообразие позиций и подходов, которое выявилось в ходе расколов, имеет давнюю предысторию. Так, корни первого раскола следует искать уже в самом Новом Завете (Евангелии), различные версии которого рисуют совершенно разные образы Иисуса, которые отчасти воплощают в себе иудаистские ожидания прихода нового Моисея, или Мессии, отчасти отражают эллинистические представления об Иисусе как воплощении Божьего слова («логос») или как Спасителе и Господине (Господе). Попытки объединить в образе Христа, систематизировать, как бы привести к единому знаменателю эти различные религиозные и культурные аспекты видения не могли ни уничтожить, ни скрыть различий этих гетерогенных позиций и подходов, что явно выявилось в течение первых веков христианской истории. После того, как кончились гонения на христиан и христианство стало не только допущенной и терпимой, но официальной государственной религией, заключенные в нем различия и противоречия стали предметом общественных дискуссий; для сближения этих позиций и достижения взаимопонимания между разными сторонами активно использовалась греко-эллинистическая философия; при этом чувствительно затронутыми оказались представления большинства, и антагонизм между государствами-победителями и подданными и побежденными вел к еще большему обострению противоречий и к разделению церкви.
Концентрацию общественного внимания на трактовке образа и сущности Христа и на эллинистических философских интерпретациях христианской религии не следует рассматривать изолированно, ибо это была составная часть того процесса развития, который был предопределен уже Новым Заветом и правом обращения в христианство не только евреев, но и тех, для кого необязательны были ни обряд обрезания, ни соответствующие Закону Моисея ограничения в пище. Это был процесс постепенного превращения христианства из маленькой секты, к которой первоначально принадлежали только евреи — представители иудаизма, ставшие сторонниками и последователями Христа, в самостоятельную мировую религию с очень сильной эллинистической аргументационной структурой. Позднее к этому добавилось еще восприятие римских и германских представлений. В итоге латинская западная церковь стала казаться настолько последовательным и органичным выражением европейской религиозности, что её зарождение на Ближнем Востоке и особенно её происхождение из иудаизма почти не оставляло следа в сознании верующих, и до сих пор христианство большинством нехристиан воспринимается скорее как европейская, нежели как азиатская, ближневосточная в своих истоках религия.