Но обитель преподобного Сергия уже тогда была знаменита, а потому посещаема многими богомольцами, его же влекло пустынножительство, и Сергий уходит далеко на север в поисках наставника. Несколько лет обходил он северные монастыри, ходил к Белому морю, пока наконец, оказавшись в Ошевенском монастыре, не узнал об отшельнике Нифонте, подвизающемся на далеком Кожозере. Вдали от мирских поселений, за непроходимыми буреломами и болотами было сокрыто это дивное огромное озеро. Немедленно Сергий направился туда и, добравшись, нашел то, что искал, — благодатного учителя в духовной жизни.
Видя искренность веры Сергия и его стойкость в испытаниях, преподобный Нифонт постригает его в монашество с именем Серапион. Около 18 лет подвизаются они вместе, держа строгий пост, вкушая лишь коренья да ягоды.
«Но недолго они оставались в уединении: приходили другие, так же, как и они, ищущие спасения, просили принять, и любовь не позволяла отказывать».[246]
Со временем молва о высокой духовной жизни отшельников стала привлекать к ним многих ревнителей иноческого подвига. Когда собралось достаточное число иноков, преподобный Нифонт в 1575 году отправился в Москву просить земли для обители, но скончался в Москве, не закончив начатого дела.В это время в кожеозерской общине случается голод: собственных средств к существованию в обители еще не было, богомольцам она еще не была известна, а сообщение с людьми по дальности расстояния и по множеству непроходимых лесов и болот было очень трудным предприятием. Оставшийся за старшего преподобный Серапион отправляется по деревням просить милостыню для братии; иногда это были семена, а молоть их в обители было нечем. Поведал преподобный об этом жертвователям — и получил сразу два жернова и мешок зерна. Эту тяжесть преподобный принес в обитель сам, волоком перетаскивая по болотам и бурелому, и спас монахов от голодной смерти — подвиг, по достоинству вошедший в историю обители и даже по настоящим временам невероятный. Из принесенных жерновов слагается первая мельница на Кожозере и тем полагается начало хозяйству будущего монастыря. Преподобный Серапион продолжает собирать пожертвования; крестьяне полюбили его и охотно жертвовали из своих скудных запасов, а в 1577 году общине подарили на Богоявление корову с двумя телятами.
Летом 1584 года преподобный Серапион, дабы завершить дело своего учителя, преподобного Нифонта, предпринимает поход в Москву и после тридцати лет отшельничества снова оказывается в городе, где некогда принял святое Крещение, отвергнув ислам, и где проходило его воцерковление. Поход его был успешным для обители: 30 сентября 1584 года митрополит Дионисий благословил устроение монастыря, а благочестивый царь Феодор Иоаннович даровал грамоту, по которой монастырю были назначены Лопский полуостров и земли вокруг озера на четыре версты во все стороны. Вся полученная земля состояла из непроходимых лесов и болот. По возвращении преподобного Серапиона братия под его началом приступает к рубке леса и расчищению места под храм. К 1589 году воздвигается первый деревянный храм — Богоявленский (летний). Через два года монахи, руководимые преподобным Серапионом, оканчивают постройку второго храма (зимнего) — во имя святителя Николая. Расчищается также лес под пашни, монахи начинают сеять хлеб.