После доисторического распада суперконтинента Гондвана, Мадагаскар отделился от Индийского полуострова около 88 млн лет назад. Местные растения и животные в дальнейшем развивались в относительной изоляции, поэтому на острове более 80–90 % из их наименований нигде на Земле больше не встречаются. Например, три четверти из 860 известных видов орхидей растут только на Мадагаскаре, как и шесть из девяти видов баобаба. На острове насчитывается около 170 видов пальм, что в три раза больше, чем на всей материковой Африке, и 165 из них являются эндемичными. Фауна Мадагаскара весьма разнообразна и эндемична. Лемуры, наиболее известные из млекопитающих Мадагаскара, при отсутствии обезьян и других конкурентов, адаптировались в различных средах обитания на острове и насчитывают 103 вида и подвида. 39 из них были описаны зоологами в 2000–2008 гг. и почти все они классифицируются как редкие, уязвимые или находящиеся под угрозой исчезновения. По крайней мере, 17 видов лемуров, наиболее крупных, вымерли после того, так как человек прибыл на Мадагаскар. Из 300 видов птиц, зарегистрированных на острове, более 60 % являются эндемичными; из 260 видов рептилий – более чем 90 % эндемичны. На острове проживает две трети из известных в мире видов хамелеона, есть предположение, что Мадагаскар может быть источником всех хамелеонов на Земле. Эндемичных рыб, населяющих пресноводные озера и реки острова, – два семейства, 15 родов и более 100 видов. Беспозвоночные на Мадагаскаре слабо изучены, но известно, что все из 651 вида наземной улитки являются эндемичными, как и большинство бабочек острова, жуков-скарабеев, златоглазок, пауков и стрекоз.
В настоящее время экосистемы острова и уникальная живая природа находятся под угрозой уничтожения из-за быстро растущего населения в стране и различных нарушений экологического равновесия.
Первые поселенцы практиковали подсечно-огневой способ для освобождения территории от прибрежных тропических лесов и лесов в горной местности центральной части острова под сельскохозяйственные культуры. В тот период на Мадагаскаре в изобилии существовала мегафауна: гигантские лемуры и ямки, слоновые птицы, малагасийский бегемот. Позднее, в разное время они вымерли из-за охоты на них и уничтожения среды обитания. Мигранты из юго-восточной Африки ввезли и разводили длиннорогий горбатый скот – зебу, который они держали в больших стадах. К 1600 г. орошаемые рисовые поля занимали значительные площади в центральной горной части и позднее расширялись. Рост интенсивности земледелия и постоянно растущий спрос на пастбища для зебу в значительной степени лишили центральные нагорья лесной экосистемы.
В седьмом веке, с появление марабов на острове, начинаются письменные упоминания о Мадагаскаре. Несмотря на сильное воздействие мусульманской культуры на острове, ислам не получил распространения. Только некоторые признаки арабского влияния, такие как патриархат и календарные названия дней, месяцев и сезонов сохранились до настоящего времени.
Название острову дал в ХIII веке венецианский путешественник Марко Поло, упоминавший в своих записях об острове, который он называл Madeigascar. По мнению историков М.Поло перепутал остров с африканским портом Могадишо в Сомали. О существовании большого острова близ юго-восточного побережья Африки после М.Поло, скорее всего, узнали португальцы, которые, в свою очередь, получили эту информацию от арабских торговцев. Следующее известное посещение Мадагаскара европейцами произошло в 1500 г., когда одно из португальских судов, направлявшееся в Индию, отклонилось от курса и достигло острова. Португальский исследователь Д.Диаш с командой высадились на острове и окрестил его Сан-Лоренсо, но имя данное М.Поло, уже было на картах того времени, оказалось предпочтительнее и позднее не менялось.