Митрополит Иона направил ответное послание к архиепископу Евфимию, в котором писал: «Ты говоришь, будто я называю в своей грамоте князя Дмитрия моим сыном: посмотри внимательнее на грамоту; так ли там пишется? Сам он отлучил себя от христианства, сам положил на себя великую тягость церковную — неблагословения от всего великого Божия священства. Дал клятву не мыслить никакого зла против великого князя — и ей изменил. Ты видел эту грамоту. Как же после того можно мне именовать его своим сыном духовным? Итак, как прежде, так и теперь пишу к тебе, что я с прочими владыками почитаю князя Дмитрия неблагословенным и отлученным от Церкви Божией. Ты пишешь еще, что и прежде Святая София и Великий Новгород давали убежище у себя гонимым князьям русским и по возможности оказывали им честь; однако ж прежние митрополиты не присылали грамот с таким тяжким наказанием. Но скажи мне, сын мой, какие князья причиняли столько зла своим великим князьям, нарушив крестное целование, или какие князья, оставив жену свою, детей и все имущество в Новгороде, ходили по великому княжению проливать кровь христианскую? Как прежде этого не бывало, так прежние митрополиты не посылали грамот с такой тяжестью».
Несмотря на давление со стороны митрополита, новгородский владыка не отказал князю Дмитрию Юрьевичу в убежище. Но при этом никакой реальной помощи Шемяка от Новгорода не получил. Возможно, в Новгороде оценивали шансы Шемяки достигнуть великого княжения как очень невысокие. А возможно, Новгород просто продолжал придерживаться старой тактики явного невмешательства в дела московского князя, в то же время поддерживая его противника для затягивания смуты. Ведь слабость Москвы была выгодна Новгороду.
Шемяка покинул Новгород в 1451 г. В Житии Михаила Клопского приводятся любопытные подробности пребываня князя Дмитрия Шемяки в Новгороде. «Приехал тогды князь Дмитрей Юрьевич в Новъгород и приехал на Клопьско к Михаилу благословится. „Михайлушко, бегаю своей отчине, и збили мя с великого княжениа!“ И Михаила рече ему: „Всяка власть дается от бога!“ — „Михайлушко, моли Бога, чтобы мне досягнути своего княжения“. И Михаила рече ему: „Княже, досягнеши 3-лакотнаго гроба!“ И князь, того не рядячи, да поехал досягать великого княжения. И Михаила рече: „Всуе тружаешися, княже, чего бог не даст“. И не бысть божиа пособиа князю»
[928].Невзирая на предостережение, тем же летом князь отправился в поход на Устюг. Два года длилась последняя война Дмитрия Шемяки. Новгородцы следили за событиями этой войны, что отразилось в Житии Михаила Клопского: «И в то время спросили у Михаила: „Пособил Бог князю Дмитрию?“ И рече Михаил: „Заблудили наши!“ И они записали тот день. Аж так ся и было»
[929]. Вероятно, речь идет о разгроме войска Шемяки у города Кашина 10 сентября 1452 г. [930]. Фраза «заблудили наши» может означать, что в войске Шемяки были и новгородцы.Зимой 1452/53 г. князь вернулся в Новгород (по новгородским сведениям, «из Заволочья»): «Приеха князь великый Дмитрей Юрьевич и стал на Городище»
[931]. Начались переговоры Новгорода с Москвой о выдаче Дмитрия Юрьевича, доходящие до угроз митрополита Ионы владыке Евфимию. Однако архиепископ Шемяку не выдал.Во время политического конфликта с Москвой ушел в монастырь новгородский посадник Василий Степанович Своеземцев, весьма богатый и уважаемый великим князем боярин. Согласно его житию, «тревоги и неправды» при союзе Новгорода с Шемякой настолько возмущали совесть богобоязненного посадника, что он удалился из Новгорода в Важский край, где у него были обширные наследственные угодья. Еще будучи светским человеком, Василий Степанович основал в своих владениях Пинежский городок и построил много храмов: Рождества Христова на Химаневе, Рождества Богородицы на Усть-Путе, Предтечи на Леде и несколько других.
По всей видимости, Своеземцев действительно был глубоко верующим человеком. В какой-то момент он не смог продолжать политическую карьеру, поскольку это противоречило заветам православия. На Ваге Своеземцев основал монастырь в честь евангелиста Иоанна, где и принял постриг с именем Варлаама. Бывший посадник, а отныне игумен щедро отписал своей обители села и угодья. Впоследствии он стал широко известен в Новгородской земле своими иноческими подвигами.
В 1453 г. в Новгороде умер беспокойный князь Дмитрий Шемяка. Разные слухи ходили о смерти Дмитрия Юрьевича. Говорили, что Шемяка был отравлен по приказу Василия Темного. Называли даже имена участников отравления: «А привозил с Москвы (отраву. —