Вероятно, Иона, с целью заручиться поддержкой новгородского владыки, официально отменил решение Исидора о самостоятельности псковской церкви от новгородского архиепископа. Псковский архимандрит упоминается в летописях до 1442 г., но, возможно, псковская архимандрития продолжала существовать и дольше, поскольку владыка Евфимий приехал в Псков только в 1449 г., после 14-летнего «розмирья». Однако полного возврата к прошлому не произошло. Архиепископ вынужден был признать особый статус псковской церкви в составе новгородской епархии. В 1449 г. в подъездную процедуру новгородского владыки в Псков официально было включено соборование. Подробное описание процедуры соборования в Псковской третьей летописи свидетельствует, какое огромное значение придавали этому событию в Пскове. «Приеха преосвященный архиепископ Великого Новагорода и Пскова владыка Еоуфимеи в дом святыа Троица, в град Псков… и священноиноки и священники и диакони выидоша против его с кресты, а князь псковскыи и посадники выехаше противоу, и оусретоша его против далнаго Пантелеймона, и приаша его с великою честью; приеха месяца декабря 27, на память святого апостола архидиакона Стефана, в той же день и литоургию сверши у святыа Троици. А на 3 день своего приезда сбороваше в домоу святыа Троица, и сенедикт чтоша: злыа прокляша, который хотят дому святей Софии и домоу святей Троици и Великому Новугороду и Псковоу зла, а благовърным князем, лежащим в домоу святей Софии и в домоу святей Троици, тем пеша вечноую память, тако же и инем добрым людем, которыа положите своа главы и кровь свою прольаша за домы божиа, за православное христианство… а живоущим окрест святъи Софии в Великом Новегороде, тако же и окрест святыа Троица во Псков, а тем пеша многа лета. И князи псковскыи, посадники псковскыи, такоже и в всех концъх, господина же владыкоу много чтише и дарише, и проводиша его и своей земли и до рубежа с великою честью»
[922].Отныне новгородского владыку стали титуловать архиепископом Великого Новгорода и Пскова. Именно к этому времени относится найденная археологами печать со следующей записью: «Еуфимии архиепископа Великого Новагорода и Пскова»
[923].В 1449 г. начался затяжной конфликт Новгорода и Москвы, митрополита Ионы и владыки Евфимия из-за Дмитрия Шемяки. В Летописи Авраамки записано, что князь Дмитрий Юрьевич Шемяка в 1449 г. приехал в Вишеру, «ту стал, и к архиепископу владыце Еуфимию и в Новъгород от себе послал Ивана Яковлича, чтоби княгыню приняли и сына Ивана. И владыка Еуфимий и Великый Новгород приняша княгиню великую Софью и сына Ивана в честь и въеха в осенине в Юрьев монастырь»
[924]. Сюда же, судя по посланию митрополита Ионы к Евфимию, Шемяка отправил на сохранение свою казну. Новгородцы признавали Дмитрия Шемяку великим князем, но военной помощи ему не оказывали. Когда в 1448 г. на сторону Василия Темного перешли многие князья и бояре, против них выступили Дмитрий Шемяка и Иван Можайский. Новгородцы же «не вступишася ни по одному». Несмотря на это, после падения Галича в 1450 г. Шемяка бежал в Новгород.Дмитрий Шемяка потерял к тому времени все — не только недолгое великое княжение, но и свое Галичское княжество. Однако в Новгороде продолжали признавать Дмитрия великим князем. 2 апреля 1450 г. Дмитрий Юрьевич «челова крест к Великому Новгороду, а Великий Новгород челова крест к великому князю Дмитрию заедино». По мнению новгородцев, на Руси в то время было два великих князя — Василий Васильевич и Дмитрий Юрьевич.
Под 1450 г. Летопись Авраамки сообщает: «Почал владыка Еуфимий детинец покрипливати (производить починку. —