Возможно, именно в это время в Новгородскую Кормчую была вставлена любопытная подделка — так называемое «Правило 165 св. отец Пятого собора на обидящих святые божие церкви»
[1018]. В тексте содержались угрозы тем, кто «явится, неистовствуя на святые божие церкви и на священные их власти, данное от Богови в наследие вечных благ и на память последнего рода или монастырям данное граблением и насилием дея отьимая от них всяко данное, даемое Христови, и аще кто избрящется се творя бесчиние велие и святым церквам, четверицею паки воздаст воспять церковное, а не покоряюще же ся истинным правилам святых отец, аще воевода — воеводства чюж, или воин — воинства чюж, и паки аще великим негодованием негодовати начнут, забывши вышнего страха и облекшесь в бесстыдство — повелевает наша власть тех огнем сжжещи, дом же их святым божиим церквам вдати» [1019].О том, что данный текст — подделка, заявил в 1517 г. Вассиан Патрикеев, который обнаружил, что «Правило» отсутствует в древнейшей софийской «Кормчей» XIII в.
Неизвестно, был ли написан текст «Правила» в Новгородской епархии в середине XV в. или просто переписан в Новгородскую Кормчую из других списков, но очевидно, что владыка Иона воспользовался авторитетом якобы древнего правила для обуздания псковичей с их стригольническими идеями.
В 1466 г. митрополит Феодосий «митрополию оставил», а точнее, был вынужден уйти, столкнувшись с сильнейшим возмущением и негодованием против себя со стороны русского духовенства. Ропот был вызван теми строгими мерами, которые митрополит предпринимал для оздоровления нравов приходского духовенства. В частности, Феодосий намеревался в очередной раз решить проблему вдовых попов. Митрополит подтвердил правило, которое обязывало овдовевших священников уходить в монастырь и принимать постриг. Тех же, у кого обнаруживалась сожительница, Феодосий, согласно канонам церкви, велел извергать из сана.
Не обретя поддержки своим реформам среди большей части русского духовенства, Феодосий оставил митрополичью кафедру. Вновь в Москве был созван собор русских епископов. И вновь на соборе отсутствовали главы новгородской и тверской епархий, прислав грамоты с согласием на любого кандидата.
Тот факт, что новгородский владыка уже в третий раз уклонился от личного участия в общерусском соборе, насторожил московских властителей. Тем более что в 1467 г. киевский митрополит Григорий обратился к Константинопольскому патриарху, изъявив желание вернуться в православие. Одновременно Григорий просил у патриарха рукоположения на русскую митрополию, не поскупившись при этом на подарки. Патриарх Дионисий восстановил Григория в православии и утвердил в сане не только литовского митрополита, но и «всея Руси».
Одновременно патриарх отправил своего посла в Литву, Москву и Новгород с требованием признать Григория митрополитом, а избранного в Москве Филиппа отстранить как незаконного и не признаваемого константинопольской церковью
[1020]. Самозванного московского митрополита патриарх отлучил от церкви. Однако для Москвы пути возврата к прежнему церковному устройству уже не существовало. Великому князю, укреплявшему свою власть, не нужен был контроль над церковью со стороны Константинополя. Да и внутри своей державы московские князья еще со времен Дмитрия Донского стремились освободиться из-под опеки «духовных отцов» и поставить церковь в подчиненное положение. Добиться всей полноты власти Иван Васильевич мог, лишь контролируя выборы главы Русской церкви.Великий князь поспешил написать послание к архиепископу Ионе, в котором вновь напомнил о данном владыкой обещании «не приступать к Григорию»: «И ты бы ныне… того отступника, Исидорова ученика Григория, благословения не принимал… и писанием его и поучением не внимал»
[1021]. Иван III официально заявил, что с завоеванием Константинополя турками истинное православие у греков пресеклось, невзирая на их отказ от условий Ферраро-Флорентийской унии. Из этого следовало, что признание патриархом литовского митрополита Григория отнюдь не делает последнего законным главой Русской церкви. Более того, Иван III открыто отказался признавать главенство Константинопольского патриарха над Русской церковью: «Не требую его, ни его благословенья, ни его неблагословенья, имеем его от себя, самого того патриарха, чюжа и отреченна».Хотя после признания Григория патриархией Иона имел полное право отказаться от своего прежнего обещания, данного в то время, когда киевский митрополит был униатом, владыка не рискнул на разрыв отношений с Москвой. Отсутствие Ионы на соборе в Москве в 1467 г. может объясняться не столько нежеланием участвовать в выборах митрополита, сколько простой нехваткой времени. Иона был уже очень стар, к тому же в Новгороде и Пскове начался мор и архиепископ мог посчитать себя не вправе покидать свою паству в тяжелое время.