По зиме владыка ездил в Псков «к своим детем к меншим, брату Великого Новагорода, на свои старины и пошлины». Архиепископа сопровождали бояре со своими людьми: «От старейших посадник Лука Федорович сын посаднич, а от житьих… и с своим двором»
[1032]. Псковичи встретили архиепископа и его большую свиту весьма торжественно: «Все священство и с множеством народа сретоша его с кресты оу Знамениа святей богородицы, за Новою стеною» [1033].Иона в этот свой приезд ничем не нарушил сложившуюся традицию визитов новгородских архиепископов в Псков: благословил всех горожан, соборовал в храме Троицы и «сенедикт чтоша, и пеша благоверным князем и всем православным Христианом великиа многа лета, а злыа проклята»
[1034].Во время пребывания Ионы в Пскове в городе случился пожар — «и погоре весь Псков и церкви огореша». Владыка на время бедствия выехал в Снетогорский монастырь, который был в то время наиболее благоустроенной и обеспеченной обителью в Псковской земле. После пожара Иона пробыл в Пскове еще пять дней «и по том благословил всех моуж и пскович, и подъезд свои на священниках побрал».
То есть опустошивший весь город (и церкви, соответственно) пожар, по мнению владыки, не являлся смягчающим обстоятельством для уклонения от уплаты ему соответствующих пошлин. Визит архиепископа длился «без дву дней 4 недели». Псковичи с честью проводили своего владыку.
Однако вскоре в Пскове в очередной раз случился всплеск религиозного рвения среди горожан, что вызвало недовольство архиепископа. В 1469 г. псковичи отлучили от службы вдовых попов и дьяконов по всей Псковской волости (выполнив тем самым распоряжение митрополита Феодосия). При этом псковичи не посоветовались ни с новым митрополитом Филиппом, ни со своим архиепископом. Разгневанный таким самоуправством Иона уже готов был отлучить псковичей от церкви, но митрополит «о том емоу възбранил». Ведь псковичи опять действовали строго по церковным канонам.
Ободренные поддержкой митрополита, псковичи пошли еще дальше в утверждении на своей земле истинного благочестия. В ту же осень священники всех пяти соборов Пскова и черное духовенство выступили на вече с необычным предложением: «Ныне, сынови, попремежи себе хотим по правилам святых отец и святых апостол во всем священстве крепость поддержати, а о своем оуправлении, как нам священником по Намаканоноу жити; а вы нам, сынове, поборники боудете нашей крепости, зане же здесь правителя всей земли над нами нетоуть, а нам о себе тоя крепости оудержати не мощно попремежи себе о каковых ни боуди церковных вещех, а вы ся в то иное и миром встоупаете, а чрес святых апостол и святых отец правила; а в том, сынове, и на вас хотем таковоу же крепость духовноую поддержати»
[1035].Псковские власти и все псковичи дружно поддержали инициативу своих священнослужителей. После чего «все 5 сборов и все священство, написав грамотоу из Намаканоуна и в ларь положиша о своих священныческых крепостъх и о церковных вещех. А над собою на тоую грамотоу правителе всеми пятми сбори и всем священством на вече пред всем Псковом посадили попа Андреа Козоу святого Михаила Архангела, а дроугово с Завеличьа Харитона попа Оуспениа святей богородици»
[1036].Однако в среде псковского священства не было единства. Вскоре один из хранителей грамоты — поп Андрей, был за что-то оклеветан и вынужден бежать из Пскова в Новгород «к владыце жити». В результате архиепископ Иона услышал от попа Андрея несомненно тенденциозный рассказ о неслыханном самоуправстве псковичей, фактически приравниваемом к отделению от епархии.
Несмотря на почтенный возраст, Иона собрался в путь и приехал в Псков, как только устоялись по зиме дороги. Псковичи встретили архиепископа все так же торжественно, а Иона благословил псковичей и соборовал в храме Святой Троицы. Но затем архиепископ начал разбирательство: «Нача выспрасивати о священскои грамоте о крепостной, как посадников псковскых, тако и всего божиа священства, кто се тако оучинил, а без моего ведома».
Ключевым являлся вопрос церковного суда: если бы владыка позволил псковичам жить по грамоте, это бы означало его отказ от права суда, а следовательно, и от приносимого этим судом дохода. Иона прямо заявил, что «сам хочю соудити здесь, а вы бы есте тоую выням грамотоу подрали».
Псковичи вежливо (помня о мирном договоре с Новгородом), но твердо ответили: «Сам, господине, ведаешь, что тобе здесе не много быти, а того дела тобе вскоре не лзе же оуправити, зане же при сем последнем времени о церквах божиих смоущенно си л но в церковных вещех в священниках, не мощно нам тобе всего и сказати, тии сами ведают, тако творяще все бестоужство; ино о том та грамота от всего священства из Намаканона выписав и в ларь положена по вашему же словоу, как еси сам, господин, преже сего был в дому святей Троици и прежнии твоя братья, а велите и благословляете всех пяти сбор с своим наместником а с нашим псковитином всекиа священьническиа вещи по Намаканоноу правити».