Но вот 2 января 1919 года В. И. Ленин и Я. М. Свердлов получают телеграмму: «Ввиду необходимости обеспечить единство военной организации члены украинского правительства ходатайствуют о назначении тов. Подвойского украинским комиссаром по военным делам. Прошу в этом смысле решения ЦК партии… Предреввоенсовета Троцкий». Ответ последовал не сразу. В середине января на Украину выехала группа ВВИ во главе с В. Г. Юдовским для оказания помощи в организации военкоматов, а 26 января он был назначен председателем ВВИ Украины. Н. И. Подвойский же продолжал в это время работать в Москве, выступал на заседании Совета Обороны 22 января по вопросу об упорядочении транспорта военных грузов, а 30 января на заседании СНК произошел примечательный обмен записками Подвойского с Лениным:
Свердлов даст справку,
Поздно вечером 10 февраля В. И. Ленин прочел телеграмму секретаря наркомвоена Украины Н. И. Подвойского о выезде его поезда из Москвы в Харьков, направленную в семь разных адресов. Ленинская реакция — в записке Э. М. Склянскому: «Запретить сию игру в телеграммы».
Итак, Подвойский едет на Украину. Вместе с ним 11 февраля прибыло до 200 человек, предназначавшихся для аппарата Наркомвоена Республики. Такой порядок был принят в РСФСР при комплектовании вновь образовывавшихся военных комиссариатов на местах, некоторых полевых штабов. Но в национальной республике, учитывая ее сложное политическое и военное положение, это было встречено, мягко говоря, без должного понимания, а сам Подвойский — без привычного уважения, в том числе со стороны некоторых членов правительства Украины. На наш взгляд, основания для этого были (независимо от личности) — нельзя забывать о ленинском требовании «архитакта» по отношению к нерусским национальностям. В. Г. Юдовский послал тревожную телеграмму в Москву, в том числе о необходимости расширения полномочий Подвойского. Последний получил ответ от Я. М. Свердлова: «Полномочия Ваши заранее определены украинским правительством назначением Вас военком. Особых полномочий не требуется. Раковскому дана мною телеграмма о создании условий, благоприятствующих Вашей работе».
В этот же день — 17 февраля — приказом № 46 наркомвоен Украины Н. И. Подвойский объявил, что, будучи «волей украинской рабоче-крестьянской Советской власти» назначенным на этот пост и ознакомившись с созданными военными учреждениями, он «вступил в исполнение своих обязанностей». На данном посту он оставался членом Реввоенсовета Республики, что облегчало координацию усилий братских народов и государств в области военного строительства.