Через три дня, 12 октября, Совнарком под председательством В. И. Ленина рассмотрел вышеназванное постановление РВСР. К собравшимся обратился Председатель ВЦИК Я. М. Свердлов:
— Я ранее предложил кандидатуру Альтфатера на должность члена коллегии Народного комиссариата по морским делам. И должен отметить, что не ошибся в своем выборе. Василий Михайлович добросовестно отнесся к обязанностям военного эксперта на переговорах с Германией. По указанию Владимира Ильича он успешно провел операцию по переброске гидросамолетов с Балтики в Вологду и по переводу по Мариинской водной системе на Волгу четырех эсминцев для усиления Волжской военной флотилии. Предлагаю утвердить товарища Альтфатера в должности члена Реввоенсовета Республики.
К тому времени Альтфатер имел заслуженный авторитет среди военных специалистов старой русской армии. Учитывая это, с ним не раз советовались руководители Советской Республики, поручая ему ответственнейшие задачи. После завершения переговоров в Бресте Альтфатер активно включился в работу по созданию нового, Рабоче-Крестьянского Красного Флота.
Начало интервенции стран Антанты и расширение масштабов гражданской войны требовали проведения неотложных мер по совершенствованию организационной структуры флота и системы управления им. Кроме того, коллегиальная форма руководства в лице Центробалта, засоренного соглашательскими и дезорганизаторскими элементами, не обеспечивала успешного решения сложных задач, стоявших перед флотом. Поэтому Совнарком в начале марта 1918 года принял постановление о роспуске Центробалта, введении должности главного комиссара Балтийского флота и учреждении Совета комиссаров Балтфлота. 29 марта на заседании СНК РСФСР был заслушан доклад помощника начальника Морского генерального штаба В. М. Альтфатера об управлении Балтийским флотом. Участники заседания одобрили внесенный им проект. 8 апреля «Временное положение об управлении Балтийским флотом» было объявлено приказом по флоту и морскому ведомству.
В соответствии с этим документом, разработанным Альтфатером, во главе Балтийского флота ставились начальник морских сил Балтийского моря и главный комиссар Балтфлота. Начальник морских сил Балтийского моря пользовался правами командующего флотом и нес полную ответственность за деятельность флота, а главный комиссар являлся старшим представителем Советской власти на флоте. Введение в действие «Временного положения» позволило улучшить руководство Балтийским флотом, который в последующем сыграл важную роль в защите морских подступов к Петрограду.
В конце апреля 1918 года В. М. Альтфатер по предложению Я. М. Свердлова был назначен членом коллегии Народного комиссариата по морским делам. В этой должности Василий Михайлович выполнил ряд заданий, полученных непосредственно от Владимира Ильича Ленина.
В начале августа резко обострилась обстановка на Севере, в районе Архангельска. На морских подступах к Архангельскому порту сосредоточилась английская эскадра с крупным десантом. 1 августа интервенты подошли к городу, где вспыхнул антисоветский мятеж. В тот же день В. И. Ленин позвонил члену коллегии Наркомвоена Э. М. Склянскому и спросил, что можно сделать для обороны Архангельска.
— Со мною рядом находится Альтфатер. Он говорит, что флот и береговая охрана ничего не смогут сделать, — ответил Склянский.
— Передайте ему, чтобы он рассмотрел вопрос об использовании авиации.
Альтфатер учел предложение Ленина. 9 августа он направил члену коллегии Наркомвоенмора С. Е. Саксу телеграмму следующего содержания:
«По приказанию Председателя Совнаркома, переданного мне Высшим военным советом, благоволите самым экстренным образом, минуя все препятствия, отправить все три готовых и погруженных уже на платформы гидро (гидропланы. —
В сентябре 1918 года из состава воздушного дивизиона особого назначения, дислоцировавшегося в Ораниенбауме, на архангельское направление были переброшены первые три гидросамолета. Они выполняли задачи по разведке противника, уничтожению вражеских самолетов и разбрасыванию агитационной литературы над расположением белогвардейских войск. В последующем гидроавиаотряд во взаимодействии с Северо-Двинской речной военной флотилией сыграл большую роль в защите Котласа.