Летом 1918 года Коммунистическая партия и Советское правительство принимали все меры по укреплению Восточного фронта, войска которого вели ожесточенные боевые действия против белочехословацкого корпуса и белогвардейцев. На Восточный фронт перебрасывались войска, оружие, боеприпасы и военные корабли. По распоряжению Ленина в начале августа из Балтийского моря на Волгу по Мариинской системе вышли четыре миноносца типа «Сокол»: «Поражающий», «Прыткий», «Прочный» и «Ретивый». Ответственность за своевременную отправку миноносцев была возложена на Альтфатера. 11―12 августа он доносил, что для ускорения продвижения «Соколов» посланы «агитаторы от Аралова и „толкачи“ от наркома главода Зуля». Однако переход кораблей осуществлялся медленно, что свидетельствовало о явном саботаже со стороны командования. Поэтому коллегия Наркомвоенмора 15 августа распорядилась арестовать начальника дивизиона миноносцев Б. А. Карпинского и командира «Ретивого» В. К. Раабена. По указанию Владимира Ильича Ленина Альтфатер подготовил телеграмму за подписями Ленина и Склянского комиссару и старшему командиру отряда миноносцев с требованием о быстрейшем завершении погрузки орудий и снарядов и отправке кораблей в Нижний Новгород. 27 августа командующий Волжской военной флотилией Ф. Ф. Раскольников сообщил В. И. Ленину о прибытии балтийских миноносцев на Волгу и об их участии в боевых действиях.
Одновременно В. М. Альтфатер занимался организацией перехода на Волгу и Каспий подводных лодок с Балтики. Ленин внимательно следил за ходом организации. Узнав о ее задержке, он 28 августа направил Альтфатеру следующую записку:
«Как стоит вопрос об отправке подводных лодок на Волгу и в Каспийское море?
Верно ли, что
Сколько их?
Когда дано распоряжение об отправке?
Альтфатер в своем ответе сообщил, что пригодные для переброски подводные лодки еще подыскиваются и выясняется возможность их отправки. Владимира Ильича столь неопределенный ответ не удовлетворил. 29 августа он потребовал от Альтфатера принять конкретные меры по скорейшему направлению подводных лодок на Волгу и Каспий. «Я прошу завтра (30/8), — писал Ленин, — мне это сообщить точно, официально. Ибо дело с посылкой подводок не терпит отлагательства ни на минуту».[101]
В. М. Альтфатер немедленно выехал в Петроград, где наметил и организовал отправку четырех подводных лодок. В сентябре — октябре из Петрограда по железной дороге были переброшены две подлодки — «Минога» и «Макрель», а несколько позднее «Касатка» и «Окунь». К середине ноября первые две лодки своим ходом из Саратова прибыли в Астрахань, а к началу навигации 1919 года к ним присоединились и две другие лодки.В. М. Альтфатеру приходилось выполнять и ряд других указаний В. И. Ленина, касающихся формирования и повышения боеспособности озерных и речных военных флотилий. Несмотря на все трудности, Василий Михайлович успешно справлялся с поставленными задачами. Это обстоятельство, кроме прочих факторов, сыграло решающую роль при назначении Альтфатера на должность члена РВСР.
В Центральном военно-морском музее хранится копия мандата, выданного Альтфатеру 15 октября 1918 года: «Товарищ Василий Михайлович Альтфатер на основании постановления Совета Народных Комиссаров от 12 октября с. г. назначается членом Революционного военного совета Республики. Ввиду крайне важных и ответственных задач, поставленных тов. Альтфатеру, всем властям и организациям Российской Социалистической Федеративной Советской Республики предлагается оказывать ему, тов. Альтфатеру, незамедлительно всякое содействие по выполнению возложенного на него поручения под страхом ответственности перед Революционным трибуналом».
Мандат подписал Председатель СНК РСФСР В. И. Ленин. Он же 16 октября подписал постановление Совнаркома о назначении В. М. Альтфатера командующим всеми Морскими Силами Республики.
Василий Михайлович тогда не мог и предполагать, что судьба отвела ему всего лишь еще полгода жизни. Он с головой окунулся в работу, которая требовала полной самоотдачи. На карту было поставлено само существование Советской Республики, и в ее защите не последнюю роль призван был сыграть флот. Но требовалось прежде всего выработать новые организационные основы флота и определить наиболее приемлемые способы его применения. Поэтому Альтфатер в первую очередь занялся решением этих проблем…
Василий Михайлович засиживался в своем кабинете частенько далеко за полночь. В накинутой на плечи морской тужурке он сосредоточенно изучал кипы бумаг, лежавших на большом письменном столе. Время от времени отрывался от чтения, устало протирал глаза, вставал и задумчиво мерил шагами кабинет из угла в угол.