1 сентября 1920 года Политбюро ЦК РКП(б) удовлетворило просьбу Сталина об освобождении его от должности члена РВС Юго-Западного фронта, назначив на эту должность Сергея Ивановича Гусева.
Постановлением Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета от 25 ноября 1920 года член реввоенсовета фронта Сергей Иванович Гусев был награжден орденом Красного Знамени «за то, что, неустанно ведя политическое воспитание армии Южного фронта, вложил в красных бойцов тот революционный подъем, который способствовал нашим блестящим успехам, приведшим к окончательному разгрому Врангеля».
Вместе с командующим фронтом М. В. Фрунзе и другими членами РВС он принял активное участие в разгроме Врангеля, что явилось фактическим окончанием гражданской войны.
Вскоре после завершения боевых действий против Врангеля ЦК КП(б)У назначил Михаила Васильевича Фрунзе командующим всеми вооруженными силами Украины и Крыма, Сергея Ивановича Гусева — его помощником по политической части. Под их руководством к концу 1920 года были полностью разгромлены кулацкие, анархистские и националистические банды Нестора Махно, Симона Петлюры и других врагов Советской власти.
В 1924 году С. И. Гусев был награжден вторым орденом Красного Знамени «за руководство победоносной борьбою против Деникина, Врангеля и Петлюры и за искусную подготовку ликвидации бандитизма на территории Украины».
С января 1921 года С. И. Гусев — начальник Политуправления Реввоенсовета Республики (оно существовало на правах Отдела ЦК партии). Наряду с работой по переводу армии на мирное положение, по перестройке деятельности партийных организаций, он приступил к выполнению указания В. И. Ленина, который говорил о необходимости собрать материалы для истории гражданской войны и истории Советской Республики.
С. И. Гусев выпустил брошюру «Уроки гражданской войны», где сделал попытку обобщить опыт большевистской партии по строительству армии нового типа, опыт гражданской войны, проанализировать его международное значение. Многие положения этой работы представляют и сейчас интерес не только для ученых, но и для современных командиров и политработников. Совместно с М. В. Фрунзе он разработал к предстоявшему X съезду РКП(б) тезисы «Реорганизация Рабоче-Крестьянской Красной Армии». На съезде Сергей Иванович Гусев был вновь избран кандидатом в члены Центрального Комитета партии.
18 мая 1921 года С. И. Гусев опять назначен членом РВСР, оставаясь начальником Политуправления Реввоенсовета. Он стал также руководителем Комиссии по исследованию и использованию опыта мировой и гражданской войн, выступил инициатором и организатором подготовки капитального труда по истории гражданской войны, выпуска военно-теоретического и исторического журнала «Военная наука и революция», где открыл дискуссию по вопросам реорганизации Красной Армии.
Работа С. И. Гусева в Политуправлении РВСР продолжалась год. В январе 1922 его направляют в Среднюю Азию в качестве председателя Туркестанской комиссии ВЦИК и СНК РСФСР и Туркестанского бюро ЦК РКП(б), где сообща с местными руководителями и посланцами Москвы многое сделал для экономического объединения трех молодых республик — Туркестана, Хорезма, Бухары, для налаживания национальных взаимоотношений, для нанесения мощных ударов по басмачеству.
На XII съезде РКП(б) С. И. Гусев избран членом Центральной Контрольной Комиссии партии, на ее пленуме — членом Секретариата ЦКК.
К практической работе в ЦКК он приступил позже, в начале 1924 года, став руководителем инспекции ЦКК по армии и флоту.
Именно тогда для обследования положения в Красной Армии ЦК РКП(б) создал под председательством Гусева комиссию, по предварительным итогам работы которой Центральный Комитет партии утвердил новый состав Реввоенсовета Республики. Фактическим руководителем его стал М. В. Фрунзе.
Сергей Иванович Гусев был секретарем Центральной Контрольной Комиссии РКП(б), а также членом коллегии объединенного с ЦКК Наркомата рабоче-крестьянской инспекции (РКИ). В 1926―1927 годах он заведовал Отделом печати Центрального Комитета ВКП(б). С середины 1927 года (и до конца своих дней) Сергей Иванович Гусев работал в Исполнительном комитете Коммунистического Интернационала, был членом его Президиума.
Он входил в состав дирекции Института Ленина, Комиссии для собирания и изучения материалов по истории Октябрьской революции и РКП(б) — Истпарта, читал курс лекций в Институте красной профессуры, публиковал статьи по вопросам международного коммунистического и рабочего движения, истории нашей партии.
Последняя статья С. И. Гусева — «Тридцать лет большевистской партии» — была напечатана в «Правде» 11―15 июня 1933 года с фамилией автора в траурной рамке.
Сергей Иванович Гусев скончался после тяжелой болезни 10 июня 1933 года в Крыму. 14 июня 1933 года в Москве состоялись похороны. Под раскаты артиллерийского салюта урна с прахом С. И. Гусева была установлена в Кремлевской стене.
Данишевский Карл Христианович