Местом пребывания Полевого штаба Реввоенсовета Республики был выбран небольшой подмосковный городок Серпухов. Вместе со штабистами засели за разработку плана разгрома белочехов, армии генерала Краснова и интервентов на севере Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики И. И. Вацетис и член РВСР К. X. Данишевский. К 7 октября они подготовили доклад о стратегическом положении Советской Республики и задачах Красной Армии в период осенне-зимней кампании. Главком поехал в Москву, чтобы лично доложить Ленину, Свердлову и РВС Республики. К началу 1919 года предполагалось разгромить белых на Дону, на Восточном фронте выйти на рубеж Актюбинск — река Тобол, на севере, как и прежде, вести оборонительные бои. Впервые в районе Брянска и Орла создавалась резервная армия. Окружным военным комиссариатам предписывалось сформировать 11 стрелковых и две кавалерийских дивизии. Вносились предложения по улучшению военных перевозок и санитарной службы, ставилась задача создать Каспийскую флотилию, которая должна была оборонять устье Волги и проводить боевые операции у берегов Кавказа и Туркестана.
Встретив главкома, Карл Христианович по его довольному лицу понял, что поездка в Москву увенчалась успехом.
— Ленин одобрил наш план, — радостно сообщил Вацетис. — Он обещал нам всестороннюю поддержку.
В течение октября всем фронтам были уточнены стратегические задачи. На большинстве приказов и директив, отданных главкомом Республики с сентября 1918 по январь 1919 года, рядом с подписью Вацетиса стоит фамилия Данишевского. Это была не пустая формальность. Карл Христианович глубоко вникал в разработку каждого документа, твердо отстаивал партийные позиции.
Надо сказать, что главком отличался очень трудным, неуживчивым характером. Прямой и резкий, он зачастую в разговоре не выбирал выражений, не искал дружбы ни с членами РВСР, ни с командующими фронтов и армий. Не отличался он деликатностью и в обращении с партийными деятелями, рекомендованными на командные должности. Так, например, Вацетис долго не соглашался с назначением комиссара Ярославского военного округа М. В. Фрунзе на должность командующего 4-й армии Восточного фронта.
Все это, вместе взятое, мешало нормальным деловым отношениям, созданию дружно работающего коллектива. Но Данишевский мог сработаться с ним, и в этом ему помогала железная выдержка, умение сохранять самообладание при самых сложных обстоятельствах. Отличавшийся сердечностью и простотой в обращении с людьми, Данишевский являлся как бы амортизатором, сглаживающим возникавшие инциденты, а рождалось их, надо сказать, великое множество.
Реввоенсовет Республики и главком держали твердый курс на строительство регулярной Красной Армии с привлечением старых военных специалистов. Такая доктрина всецело поддерживалась Советским правительством, и тем не менее она встречала упорное противодействие со стороны многих ответственных партийных работников. Вацетис, а вместе с ним и Данишевский беспощадно боролись с сепаратизмом, своеволием и партизанщиной, совершенно при этом не думая о последствиях, к которым могли привести их разногласия с влиятельными людьми. Острый конфликт возник у них с реввоенсоветом Южного фронта в составе И. В. Сталина, председателя Царицынского Совета С. К. Минина, командующего фронтом П. П. Сытина и его помощника К. Е. Ворошилова. На них была возложена задача — как можно быстрее разгромить армию генерала Краснова.
В приказе от 21 сентября Вацетис и Данишевский писали Сытину, «что боевые действия идут разрозненно, ныне, при создании Южного фронта, необходимо создать общий план действий. С этой работой прошу поторопиться, в оперативных делах вы должны пользоваться полной самостоятельностью и несете ответственность». Получив выписку из приказа, Павел Павлович Сытин вместе с назначенным командующим 9-й армией А. И. Егоровым выехали в Балашов, где в это время находился член РВСР К. А. Мехоношин. Вместе они отправились в Царицын.
Сталин, Минин и Ворошилов встретили Сытина с откровенной враждебностью. Они настаивали на том, чтобы руководство боевыми действиями осуществлял революционный военный совет фронта. Сытин возражал. Он извлек из портфеля инструкцию, подписанную Вацетисом и Данишевским, и положил ее на стол.
— Что это такое? — пренебрежительно произнес Сталин, глядя на бумаги.