Агенты токко контролировали левые политические движения Японии, занимались общественной безопасностью, осуществляли надзор за иностранцами. Как правило, материалы расследования, которые вела полиция токко, передавались в суд, где японские чиновники старались придерживаться общепринятых правовых норм. Это давало шанс побороться с органами следствия, организовать свою защиту, попытаться добиться гласности рассматриваемого дела. Пробыв длительное время в Японии, Зорге хорошо изучил местное законодательство. В стране действовал закон «О поддержании общественного порядка», направленный против коммунистического рабочего движения. Он предусматривал суровые наказания для тех, кто стремился изменить государственный строй, — вплоть до смертной казни. Рихард также знал о действующих законах «Об обеспечении государственной обороны» и «О сохранении военных секретов». Именно в их нарушении могли обвинить «иностранных шпионов», задержанных на территории Японии. Среди мер наказания для таких лиц также предусматривалась смертная казнь.
Ожидая начала допросов, Зорге заранее подготовил аргументы для своей защиты. Он решил максимально брать всю вину на себя, чтобы облегчить участь своих соратников и помощников по разведывательной работе. Вскоре разведчика вызвали на первый вопрос, который проходил в здании тюрьмы в достаточно просторной, по сравнению с его камерой, комнате священника. Допрос начался в 9 утра и продолжался до позднего вечера. Арестованного допрашивали инспектор токко Охаси и несколько его помощников. Их вопросы переводил специально приглашенный переводчик Икома — преподаватель Токийского института иностранных языков, владевший немецким языком. Зорге предъявили улики — радиопередатчик, захваченный полицией на квартире у Клаузена, и, как оказалось, не уничтоженные радиограммы, хранившиеся у радиста его нелегальной резидентуры, — и потребовали дать объяснения.
Из вопросов следователя Зорге стало ясно, что его помощник арестован и дал подробные показания, которые в значительной степени раскрыли деятельность возглавляемой им нелегальной резидентуры. Признательные показания были также получены от Мияги. Зорге не знал, что его соратник не выдержал допросов «с пристрастием» и попытался покончить жизнь самоубийством, выбросившись в окно во время допроса. Однако он остался жив и после непродолжительного лечения опять попал в руки безжалостных следователей. Одзаки также не стал скрывать, что добывал информацию по заданию Зорге и передавал ему в ходе последующих встреч. Наиболее упорно держался Вукелич, который не признавался в нарушении законов японского государства.
Зорге решительно отверг все предъявленные ему обвинения, настаивая, что он немецкий корреспондент, приближенный к послу и другим высокопоставленным сотрудникам германского дипломатического представительства. Этой линии он придерживался в течение нескольких дней, анализируя складывающуюся ситуацию. Он обратил внимание, что следствие не считает главной «шпионскую» составляющую его дела, а придает особое значение «заговору» против государственного строя страны, который замышлялся «группой Коминтерна», специально посланной для этого в Японию. Это давало шанс избежать передачи его дела военной жандармерии.
Не питая особых иллюзий в отношении конечного результата расследования, Рихард попытался использовать версию следствия, чтобы увести его в сторону от реальной деятельности его людей. Он начал давать показания о своем «коммунистическом прошлом», а также неких «московских инстанциях», которым он направлял всю получаемую информацию. В качестве основного источника разведывательных сведений Зорге указал германское посольство. Именно там он лично получал необходимые ему данные, которые на сугубо добровольной основе передавали ему высшие должностные лица диппредставительства.
Получив такие показания, японцы пошли на организацию встречи задержанного немецкого журналиста с руководством германского посольства в Токио. Посол Отт и представитель гестапо Мейзингер с недоумением восприняли известие об аресте Зорге. Им и в страшном сне не могло присниться, что их друг, убежденный нацист, работавший в Японии в интересах Третьего рейха, может оказаться советским разведчиком. Арест известного во всей Германии корреспондента был расценен ими как излишняя ретивость полицейских органов Японии, искавших шпионов там, где их в принципе быть не могло. В посольстве считали, что задержание Зорге явилось политической интригой, вызванной, скорее всего, его публикациями о недавних японо-американских переговорах, что в Токио рассматривалось как государственная тайна. Посол Отт также опасался, что события вокруг Зорге могут отрицательно повлиять на японо-германские отношения и его дальнейшую карьеру.