При этом по-прежнему с ними не было проведено ни одной очной ставки, ни какого-либо совместного допроса. Рихард понимал, что это психологический прием следствия, направленный как против него, так и против членов его резидентуры. Представители специальной полиции и прокуратуры понимали, что любая встреча с руководителем разведывательной группы придаст новые силы не только ему, но и его друзьям и соратникам и повысит их стойкость во время допросов. Сам Зорге держался уверенно, демонстрировал убежденность в правоте своего дела, категорически отвергал все несправедливые, как он считал, нападки на его организацию. В ходе более жестких допросов Ёкисавы он отказался печатать свои показания на пишущей машинке. Теперь вопросы прокурора переводил переводчик, и он же записывал ответы обвиняемого. Записи, сделанные на японском языке, переводились на немецкий и давались для просмотра Зорге. Если он был согласен с текстом, то ставил свою подпись, если нет — отказывался подписывать. Это удлиняло сроки расследования, но Рихард продолжал придерживаться своей принципиальной позиции.
В ходе следствия, проводившегося в один из наиболее сложных периодов Великой Отечественной войны, Зорге всячески пытался получать информацию о ситуации на советско- германском фронте. Он слушал радио в тюрьме, понимая сводки новостей на японском языке, спрашивал об этом переводчика и даже следователей, проводивших допросы. Неудачи германской армии под Москвой, срыв планов «молниеносной войны» приводили его в хорошее настроение. Он даже иногда вступал в дискуссию с прокурором Ёкисавой, давая подробный военно-стратегический анализ противостояния фашистской Германии и Советского Союза, доказывая неминуемое поражение агрессора.
Тем временем следствие по делу Зорге и других арестованных к концу апреля было закончено, и прокуратура приняла решение передать все материалы в Токийский окружной уголовный суд. Министерство юстиции Японии после долгих обсуждений приняло решение опубликовать официальное сообщение о «деле Зорге» в японских газетах. Его текст был согласован с министерством иностранных дел, верховным судом и другими правительственными органами. Все крупные японские газеты 17 мая 1942 года опубликовали статью под заголовком «Кольцо международного шпионажа разорвано. Арестовано пять вожаков». Она начиналась следующим абзацем:
«В прокуратуре Токийского окружного уголовного суда закончилось энергично проводившееся с октября прошлого года расследование дела о раскрытой полицией международной шпионской организации под руководством Рихарда Зорге. Ее главными участниками являются: специальный корреспондент газеты “Франкфуртер цайтунг” в Японии Рихард Зорге, 47 лет; помощник заведующего Токийским отделением французского агентства новостей Гавас Бранко Вукелич, 38 лет; художник Ётоку Мияги, 40 лет; неофициальный советник токийского отделения правления Мантэцу (Южно-Маньчжурская железная дорога. —
Далее в статье говорилось, что эти лица обвиняются в принадлежности к «красной шпионской организации», получившей задание от центрального штаба Коминтерна. Они собирали секретную информацию и передавали ее за рубеж. Поэтому указанные лица обвиняются в нарушении японских законов «О поддержании общественного порядка», «Об обеспечении государственной обороны», «О сохранении военной тайны». Дело арестованной группы будет рассматриваться в Токийском окружном уголовном суде. В статье ни разу не был упомянут Советский Союз и ничего не сообщалось о работе арестованных на военную разведку Красной армии.
В комментариях министерств юстиции и внутренних дел, которые также были опубликованы в японских газетах, отмечалось, что несмотря на «большой успех борьбы с лживой идеологией» и на то, что в результате «подъема духа Японии» в последнее время и неоднократных арестов «коммунистическое движение почти замерло», все же «левые элементы по-прежнему не оставляют своих убеждений».
Находившегося в тюрьме Рихарда Зорге не ознакомили с содержанием статьи и комментариев к ней, но он хорошо знал, что японские следственные органы не располагали доказательствами, подтверждающими версию о том, что его группа работала по заданию Коминтерна. Сам он на допросах категорически отвергал какое-либо взаимодействие с органами Коммунистического интернационала в Москве и подчеркивал, что его соратники вообще ничего не знали об этом. Также не было доказано явно абсурдное предположение, что целью деятельности нелегальной организации Зорге являлось свержение существующего в Японии государственного строя. Данные им показания о том, что он и его люди работали, чтобы вскрыть и предотвратить агрессию японской военщины против Советского Союза и сохранить мир между Японией и СССР, не принимались следствием во внимание.