Статьи и комментарии привлекли большое внимание в стране и за рубежом. Внимательно их прочитали и в Москве, но эти материалы не прояснили судьбу Рихарда Зорге. Центр по-прежнему не знал, что с ним, жив ли он. В начале 1942 года в советское посольство в Токио поступила информация, что Рихард Зорге уже приговорен к смерти и приговор, видимо, приведен в исполнение. В апреле появились сведения, что Зорге и Клаузен осуждены на пожизненную каторгу, но и они не получили подтверждения. В Москве помнили также о судьбе английского журналиста Дж. Кокса, так и не вышедшего из застенков кэмпэтай.
Профессия разведчика всегда связана с риском, от провалов никто не гарантирован, особенно в военное время, когда усиливаются меры по борьбе с иностранным шпионажем. Провалы всегда сопровождаются негативными дипломатическими и политическими последствиями, но в случае с арестом Зорге этого не произошло. Дело арестованных, как следовало из опубликованной в Японии статьи, никак не было связано с Советским Союзом, поэтому не могло повлиять на двусторонние японо-советские отношения. Коминтерн после начала Великой Отечественной войны практически потерял свое значение как центр мирового коммунистического движения, и о нем практически нигде не упоминалось. В СССР в условиях войны никто не говорил и о призывах к социалистической революции в других странах. Генсек Коминтерна Г. Димитров перестал публиковаться в советской печати. В этой связи японские обвинения не вызвали какой-либо особой реакции в советских партийных и государственных инстанциях, занятых организацией отпора фашистской агрессии.
Тем временем в Токийском окружном уголовном суде, куда были переданы материалы «дела Зорге», приняли решение проводить судебное разбирательство на основе процедуры ёсин. Особенностями этой процедуры являлись исключение суда присяжных и запрет на услуги адвоката. Однако после процедуры ёсин в соответствии с местной юридической практикой начиналось судебное разбирательство кохан, при котором допускалось участие адвокатов. Зорге неплохо знал особенности судебной системы Японии и сдаваться не собирался, намереваясь продолжить свою линию защиты, используя все местные процессуальные особенности.
Судебное разбирательство ёсин дела Зорге и его соратников началось в июне 1942 года и закончилось только в декабре. Как и ранее, всех обвиняемых заслушивали поодиночке, совместные допросы были запрещены. Рихарда привозили в здание Токийского суда в тюремном автомобиле с усиленными мерами предосторожности: руки были скованы наручниками, на голову надевали специальную плотную соломенную шляпу с густой сеткой, закрывавшей лицо. Зорге просил снять наручники и крайне неудобный головной убор, но его просьбы неизменно отклонялись.
Судьи вели допросы в еще более жесткой форме, чем это делалось на предварительном этапе расследования. Зорге был выделен прежний переводчик Икома, но они не могли даже обменяться парой слов, не относящихся к проходящей процедуре. Даже что-либо сказанное шепотом немедленно вызывало запрещающую реплику. Судья лично вел протокол допроса, который сразу же переводился на немецкий и давался обвиняемому для ознакомления. В ходе допроса проверялись данные следствия, для чего обвиняемым в основном задавались прежние вопросы. Велся также опрос свидетелей, однако эта важная часть процедуры проходила без присутствия обвиняемого, что позволяло судье интерпретировать их показания так, как он считал нужным.
Допросы начинались с раннего утра и заканчивались поздно вечером. Рихард плохо себя чувствовал, мучился от жары и духоты в небольшой комнате, где находились судья, переводчик и охрана, но по-прежнему держался уверенно, решительно отстаивал свою линию защиты, протестуя против не устраивавших его пунктов обвинительного заключения.
На первом заседании, которое вел судья Накамура, было зачитано обвинительное заключение, подготовленное прокуратурой на первом этапе расследования. Рихард узнал, что его обвиняют в нарушении уже четырех японских законов: «О поддержании общественного порядка», «Об обеспечении государственной обороны», «О сохранении военной тайны» и «О сохранении тайны в отношении военных ресурсов», ряд статей которых в качестве наказания предусматривал смертную казнь. Однако он не потерял самообладания и спокойно отвергал ложные или несправедливые, на его взгляд, обвинения.
Так, Зорге заявил судье, что в зачитанном ему обвинении имеются неточности, касающиеся даты окончания им школы и его родственных связей. Главным же, с чем он абсолютно не согласен, является утверждение, что деятельность возглавляемой им группы направлялась Коммунистическим интернационалом, хотя они не имели никаких связей с этой организацией. К другому неправильному суждению он отнес пункт обвинения, в котором указывалось, что всю передаваемую в Москву информацию он получал из секретных японских источников.