Зорге своими показаниями пытался убедить следствие, что его группа действительно занималась разведывательной деятельностью, но интересовали ее в основном вопросы международной политики, ситуация на Дальнем Востоке, основные направления деятельности Японии в отношении СССР, что он и его помощники стремились предотвратить войну между японским государством и Советским Союзом, которая могла принести неисчислимые бедствия и потери всем странам региона. Рихард не мог отрицать, что получал конкретную военную информацию, — это японцам стало известно из показаний Мияги и его источников и подтверждено захваченными у Клаузена текстами радиограмм. Зорге признал, что такой факт действительно имел место, но ни в коем случае не был связан с получением сведений из секретных японских источников. Сложно было защищать Анну Клаузен, подробно рассказавшую следствию о своей работе в резидентуре в качестве курьера, но и здесь Рихард боролся за свою сотрудницу, отказываясь подтверждать эти сведения. Он говорил судье, что не помнит многих эпизодов, о которых рассказывала следователям Анна. И по-прежнему отрицал встречи с представителями советского посольства в Токио, хотя ему вновь были предъявлены фотографии сотрудников, с которыми у него действительно происходили оперативные контакты.
Несмотря на то что следствие располагало фактами деятельности Зорге и его соратников в качестве военных разведчиков Красной армии, подтвержденными судебным расследованием, судья Накамура в своем заключительном решении инкриминировал Зорге и другим обвиняемым деятельность в интересах осуществления «целей Коминтерна». Это позволяло подвести всех арестованных под действие закона «О поддержании общественного порядка».
Этим решением 15 декабря 1942 года завершилось предварительное судебное расследование ёсин, и судья Накамура направил «дело Зорге» на вторую стадию судебного разбирательства — процедуру кохан. В этом случае проводилось как бы открытое слушание дела с участием адвокатов и формально обеспечивалось равенство обвинения и защиты. Судебная система Японии действовала неторопливо, к весне 1943 года процедура выбора судей и адвокатов для этого необычного процесса еще не завершилась, их состав менялся несколько раз. Только в конце мая председателем коллегии суда был назначен судья Такада, которому поручили проведение всей процедуры кохан. Защитником Зорге стал адвокат Асанума, но его функции в этом «шпионском деле» были ограничены.
Зорге вызвали на заседание суда кохан 31 мая 1943 года. В большом зале Токийского окружного уголовного суда, куда его вновь с соблюдением усиленных мер безопасности привезли на тюремной автомашине, Рихард увидел за столом председателя и двух членов суда, а также двух представителей прокуратуры в черных мантиях, отороченных пурпурной каймой. В зале также присутствовали около десяти приглашенных на слушание дела, видимо, как решил разведчик, из особо доверенных лиц полиции. Перевод осуществлял все тот же Икома, с которым Рихард даже подружился за полтора года следствия.
Процедура кохан проходила в еще более тяжелой обстановке, чем предыдущие этапы расследования. Вопросы председательствующего, произносимые быстрой судебной скороговоркой, едва поспевавший за ним переводчик, из-за чего Рихард не всегда понимал, о чем говорил судья, — все это должно было сломить сопротивление Зорге и принудить его к признанию в «преступлениях перед Японией». Однако Рихард продолжал бороться.
Он защищал свои коммунистические убеждения, отрицал роль Коминтерна в разведывательной деятельности группы, стремлении изменить государственный строй Японии. В присутствии адвоката ему пришлось вновь решительно заявить судье, что именно он несет всю тяжесть ответственности, а не обвиняемые японцы. Это произошло после того, как Асанума решил помочь Зорге, заявив, что он как иностранец не мог понимать незаконность своих действий. Услышав перевод выступления адвоката, Рихард немедленно попросил слово и жестко опроверг своего защитника: «То, что только что сказал мой адвокат, ошибочно. Ответственным за создание этой организации и за ее деятельность являюсь только я один. Другие участники были лишь моими помощниками…»