Командование каждым из флотов осуществлял флотоводец из сословия всадников, за исключением времен правления императоров Клавдия и Нерона, когда этот пост по меньшей мере трижды занимали лица из числа вольноотпущенников. При Веспасиане вновь вернулись к старому принципу назначения командующих флотами. Начиная с этого времени должность префекта флота в Мизенах занималась самыми знатными лицами империи. Эта должность по своему значению уступала лишь посту префекта вигилов. Должность префекта флота в Равенне считалась несколько менее почетной. Со времен правления императора Нерона префекты имели заместителей-субпрефектов, должности которых занимали менее знатные граждане сословия всадников. Удивительно, но факт остается фактом: никогда субпрефектам не удавалось занять должность префекта.
Помимо основных баз флота в Мизенах и Равенне, в различных концах империи базировались более мелкие силы римского флота. Наиболее важной из этих баз была база Августа в Александрии. Со времен Веспасиана и далее флот, дислоцировавшийся в Египте, пользовался особым статусом. Этот флот наиболее часто упоминается в дошедших до нас документах тех времен, чем прочие флоты, развернутые в римских провинциях. По крайней мере, его численность должна была быть самой значительной. Кроме того, римские корабли базировались и в Сирии. Силами двух этих флотов осуществлялся контроль империи над Западным Средиземноморьем. Скорее всего, считалось, что для выполнения этой задачи нецелесообразно было использовать корабли, базировавшиеся в Мизенах и Равенне. Остальные силы флота несли службу за пределами Средиземного моря. Так, созданный в 64 г. н. э. Понтийский флот патрулировал Черное море, две эскадры контролировали Истр (Дунай), еще одна осуществляла патрулирование на Рейне. Британская эскадра несла дежурство в районе пролива Ла-Манш и базировалась в Гезориаке (Бононии, совр. Булонь).