Выполнение эдикта было поистине подвигом Геракла, для завершения которого понадобилось бы много лет, но даже после этого следовало проявлять постоянную бдительность. Официально провозглашенный «вечным» и «неизменным», эдикт на самом деле не стал окончательным разрешением религиозного вопроса. Сама фразеология эдикта указывала на его временный характер: «Господь не считает, что мои подданные должны пока что служить и поклоняться ему, исповедуя одну форму религии». Это мнение разделялось и католиками и гугенотами; каждая из сторон была убеждена в том, что рано или поздно она обратит другую в свою веру. В то время как гугеноты продолжали выступать против перехода в католичество и выказывать неприятие других католических доктрин, авторы католических памфлетов доказывали, что протестантизм во Франции выжил исключительно благодаря королевскому милосердию. «Католическая вера, — заявлял один из них, обращаясь к гугенотам, — является основном законом страны, религией наших отцов и наших королей; вашу же просто терпят как гнойник на теле Франции».
Ришелье, выросший в Пуату, провинции, где гугеноты составляли немалую долю населения, хорошо их знал. Его первое публичное заявление относительно их прозвучало во время рукоположения его епископом Люсона в 1609 году. Обращаясь к своей пастве, он сказал «Я знаю, что здесь присутствуют люди, не согласные с нами в вопросах веры. Я надеюсь, что мы сможет объединиться в любви к Богу. Я сделаю все, что в моих силах, дабы достичь этого на пользу как им, так и нам, и одобрения королем, которому мы все обязаны служить».
Но все же, несмотря на примирительные слова, отношения Ришелье с гугенотами в его приходе далеко не всегда были безоблачными. Он потребовал, чтобы они подыскали себе другое место, когда те начали строить церковь неподалеку от кафедрального собора, и предложил им компенсацию. Гугеноты отказались и обратились с запросом к правительству, но, в конце концов, должны были подчиниться. Они обвиняли Ришелье в том, что он притесняет их различными способами: настаивая, чтобы ему кланялись, когда он проходит мимо их церкви, добиваясь отставки со своего поста сержанта, «доброго старого человека», из-за его вероисповедания и устраивая повторное крещение людей, которые хуже прошли обряд крещения в качестве протестантов. Но католики тоже имели причины жаловаться, если верить меморандуму тайного королевского агента в Пуату за 1608 год. Составляя большинство населения, они, однако, далеко не всегда могли спокойно, совершать богослужения рядом со своими соседями-гугенотами. Епископ и его причт несколько раз жаловались королю на ущерб, нанесенный ими храмам и другим церковным зданиям. Другим поводом раздражения для католиков был отказ гугенотов платить определенные налоги. В письме к одному аристократу-гугеноту в 1609 году Ришелье сетовал на грубость гугенотов, с которыми пытался жить в мире.
В мае 1611 года в Сомюре собралась Протестантская ассамблея. Регентша Мария Медичи через своих представителей попросила делегатов назначить шесть человек, которые бы защищали их интересы при дворе, и затем разойтись. Но ее не стали слушать и в свою очередь объявили ассамблею постоянной, направив регентше различные требования. Они были настолько непомерны, по мнению Ришелье, что даже если бы весь Королевский совет состоял из протестантов, то и тогда бы их нельзя было выполнить. Переговоры между ассамблеей и регентшей продолжались четыре месяца. В итоге делегаты. собравшиеся в Сомюре, согласились разойтись, но поставили при этом условия, по словам Ришелье, определенно угрожавшие политическому единству королевства. Они возвратились в свои провинции, намеревались «нарушить мир в стране и поймать рыбку в мутной воде».
Ришелье всегда проводил четкое отличие между религиозным нонконформизмом и политическим призывом к мятежу. Он не верил в то, что можно заставить гугенотов обратиться в католицизм, и в то же время был убежден в невозможности позволить им не подчиняться короне. Так, он был возмущен словами протестантского священника, адресованными канцлеру, что если гугенотам откажут в их требованиях, то они возьмут это без спросу, и тем, что тот не был наказан. «Этого наглеца, — писал он, — следовало бы арестовать. Позже его можно было бы освободить в знак королевского милосердия, но после того как власть и авторитет короля были бы подтверждены самым наглядным образом». Ришелье неуклонно отстаивал свое мнение в послании Генеральным Штатам 1614 года. Гугеноты, прибегнувшие к насилию, — говорил он, — должны быть сурово наказаны: других же следует оставить в покое. «Единственное, чего мы желаем — это обратить их в католическую веру, — добавил он, — и достичь того можем нашим собственным примером, учением и молитвами — единственным оружием, которым мы владеем, чтобы бороться с ними».