Следующим этапом цареубийства стала расправа с князьями Романовыми, которой тоже руководил Белобородов. Именно под его командой 19 мая 1918 года все проживающие в Екатеринбурге Романовы были посажены на поезд и доставлены в Алапаевск. Размещённые в помещении бывшей Напольной школы, первое время они жили в условиях относительной личной свободы передвижения по Алапаевску и его окрестностям, а также имели возможность регулярного посещения церковных служб. Воспользовавшись этим обстоятельством, Князь В.П. Палей даже записался в местную библиотеку, так как начинал в то время работать над трудом, посвящённым жизни и творчеству М.Ю. Лермонтова. А затем, начиная с 20 июня 1918 года (после похищения и убийства группой местных большевиков сосланного в Пермь великого князя Михаила Александровича, исчезновение которого было преподнесено общественности как его побег), переведены на тюремный режим. Протестуя против произвола местных властей, великий князь Сергей Михайлович 21 июня 1918 года шлёт на имя А.Г. Белобородова телеграмму, в которой от имени всех узников ходатайствует «о снятии с нас тюремного режима».
В этот же день Алапаевский Совдеп телеграфирует в Уральский Областной Совет запрос о том, как им следует поступить в отношении прислуги Романовых: считать таковую на положении арестованных или же разрешить выезд? (Под прислугой подразумевались крестовые сёстры В. Яковлева и Е.П. Янышева, а также Управляющий делами великого князя Сергея Михайловича Ф.М. Ремез и слуга князя В.П. Палея — Ч. Круковский.) В своём ответном послании от 22 июня 1918 года А.Г. Белобородов разрешил поступить с прислугой на усмотрение алапаевских товарищей, приказав никому из Романовых выезда не позволять: в Москву — без разрешения Ф.Э. Дзержинского, в Петроград— Урицкого и в Екатеринбург— Облсовета. Сергею Михайловичу он велел объявить, что их заключение «является предупредительной мерой против побега в виду исчезновения Михаила [из] Перми».
В тот же день А.Г. Белобородов посылает телеграммы по трём адресам: ВЧК — Ф.Э. Дзержинскому, Совнарком — Управделами В.Д. Бонч-Бруевичу (понимай: В.И. Ленину!) и ВЦИК — Я.М. Свердлову, в которых сообщал, что из «Екатеринбурга Елизавета Фёдоровна переведена в Алапаевск» и что в связи с побегом Михаила Романова в «Алапаевске нами по отношению всех содержащихся лиц Романовского дома введён тюремный режим». (В тот же день телеграмма аналогичного содержания ушла в Петроград на имя М.С. Урицкого.)
Финал этой истории хорошо известен. На следующий день после расправы над императором и его семьей, в ночь с 17 на 18 июля 1918 года, по секретному указанию А.Г. Белобородова, все алапаевские узники (за исключением княгини Елены Петровны и Е. Янышевой) были убиты самым безжалостным способом — после «нанесения несовместимых с жизнью травм посредством удара топором в височную область» (это термин из материалов следствия Н. Соколова) все они были сброшены в шахту.
Синхронность этих злодейств говорит сама по себе в пользу версии о ритуальном убийстве — произошла расправа над всей династией Романовых.
«Белобородов, Сафаров и Голощёкин, — вспоминает Медведев-Кудрин, — решили объявить о расстреле только одного Николая II, прибавив, что семья увезена и спрятана в надежном месте. Вечером 20 июля 1918 года я видел Белобородова, и он рассказал мне, что получил телеграмму от Я.М. Свердлова. Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет в заседании 18 июля постановил: считать решение Уральского областного Совета о ликвидации Романовых правильным. Мы обнялись с Александром и поздравили друг друга: значит, в Москве поняли сложность обстановки, следовательно, Ленин одобрил наши действия. В тот же вечер Филипп Голощёкин впервые публично объявил на заседании областного Совета Урала о расстреле Николая II. Ликованию слушателей не было конца, у рабочих поднялось настроение.
Через день или два в екатеринбургских газетах появилось сообщение, что Николай II расстрелян по приговору народа, а царская семья вывезена из города и укрыта в надежном месте. Я не знаю истинных целей такого маневра Белобородова, но предполагаю, что областной Совет Урала не хотел сообщать населению города о расстреле женщин и детей. Возможно, были и какие-то другие соображения, но ни мне, ни Юровскому (с которым я часто виделся в Москве в начале 1930-х годов, и мы с ним много говорили о романовской истории) они не были известны. Так или иначе, это заведомо ложное сообщение в печати породило в народе живущие по сей день слухи о спасении царских детей, бегстве за границу дочери царя Анастасии и прочие легенды» (Из воспоминаний участника расстрела царской семьи М. А. Медведева (Кудрина). URL http://gold-word2008.narod.ru/Memuari4.html.