Приказы были разными по масштабу. Огромные приказы, например Посольский и Разрядный, ведали важнейшими отраслями государственного управления — дипломатией и распределением дворян на должности в армии и крепостях. У приказа поменьше была гораздо более узкая сфера деятельности. Так, Приказ книгопечатного дела ведал Московским печатным двором и книжной лавкой. А совсем уж маленький Записной приказ — составлением новой летописи. Помимо отраслевых, существовали также территориальные ведомства: Сибирский приказ, Приказ Казанского дворца, так называемые «четверти», или «чети». Приказы заводили собственные профессиональные училища, готовившие молодую смену старым дьякам и подьячим. Система приказного управления оказалась весьма гибкой.
В 1550 году вступил в силу новый Судебник, заменивший прежний Судебник 1497 года: тот содержал целый ряд устаревших за полстолетие норм. Новый свод общерусских законов оказался значительно обширнее. Он является аналогом современного уголовно-процессуального кодекса, но помимо этого содержит ряд важных норм по другим отраслям права.
Это была великая по объему работа, и ее выполнили в необычайно короткий срок. Всего-то за десятилетие! Ко второй половине 1550-х годов главное реформаторам удалось завершить. Государственный строй державы обрел черты устойчивости и здравой унификации.
Можно сказать, что при Иване III старая Русь очищалась в плавильном горне, вытекая оттуда чистым металлом России, а при Иване IV этот металл был отлит в конкретные формы государственного бытия.
В середине XVI столетия Русская цивилизация всё еще пребывала на пике своего развития. Это видно не только по военным достижениям, бурной реформаторской деятельности, новым веяниям в искусстве, но и по преобразованиям Церкви. В то время ее главой был мудрый, благочестивый и «книжный» человек, митрополит Макарий, впоследствии причисленный к лику святых.
Он родился в 1481 или 1482 году. Постриг принял в Пафнутьево-Боровском монастыре, отличавшемся большой строгостью иноческой жизни. Затем возвысился до положения архимандрита в Лужецкой обители под Можайском. Великому князю Василию III Макарий понравился своей ученостью, даром учительства и здравым умом. Поэтому государь выдвинул его в архиепископы Новгорода Великого — второе по значению место в русской церковной иерархии. Строптивым новгородцам Макарий также пришелся по душе. Пребывая в Новгороде, он ликвидировал монастыри, где жили одновременно мужчины и женщины. Во главе женских обителей он поставил игумений, а не игуменов, а священниками сделал в них белых попов, а не монашествующих. Активно боролся архиепископ с остатками язычества в местах, где на Новгородской земле жили финно-угорские народы. При нем был отремонтирован и украшен собор Святой Софии — главный в городе.
В 1543 году Макарий стал митрополитом Московским. Он взошел на кафедру в трудное для Русской церкви время. Вот уже несколько лет служилая знать вертела митрополитами, как хотела, а у малолетнего государя не было власти, чтобы воспрепятствовать этому. Но Макарий старается не участвовать в придворных интригах, лишь постепенно и осторожно поддерживая государя-юношу и собиравшихся вокруг него людей. Добрые советы митрополита способствовали постепенному возвышению Ивана IV над хаосом придворной борьбы. Русская церковь так же нуждалась в централизации, как и государство. Обычаи ее в разных областях России отличались друг от друга, не было даже единого пантеона святых. Некоторых из них почитали в одной земле, а по соседству совершенно не знали. Митрополит повелел собрать всю бытовавшую тогда духовную литературу и сведения обо всех святых, почитаемых в Русской земле. Вычистив из полученной совокупности всё то, что не соответствовало замыслу или считалось «отреченной» (нежелательной для чтения) литературой, Макарий разместил остальное по месяцам и дням: жития святых и произведения канонизированных Церковью авторов. Получилось 12 колоссальных по размеру книг, которые именуются Макарьевскими минеями четьими. Этот огромный труд занял 20 лет и завершился в 1552 году.
До святого Макария Русская церковь знала всего 22 русских святых. Его усилиями на соборах 1547 и 1549 годов были канонизированы еще семнадцать.