Жизнь Церкви нуждалась в установлении общего порядка вместо той пестроты, которая существовала в разных концах Руси. В 1551 году прошел большой церковный собор, получивший наименование Стоглавого, поскольку его постановления уместились в 100 глав. Эти главы построены в форме диалога: царь Иван IV вынес к Церкви вопросы, требовавшие обсуждения и решения; собор, в свою очередь, отвечал по пунктам. Книга, где всё это собрано, так и называется «Стоглав». Помимо экономического собор имел большое нравственное и политическое значение. На нем обличались пороки духовенства, а также склонность прихожан к ересям, астрологии, «мудрованию» в духе протестантизма, тогда очень влиятельного в Восточной Европе. Собор определил компетенцию церковных судов. Показано было также, сколь далеко может простираться вмешательство государя в область церковных дел. Царь пожелал задать Церкви крайне щекотливые вопросы, и Церковь должна была ответить ему, кое в чем уступив позиции.
На многих государственных преобразованиях того времени лежит отсвет воли и мудрости святого Макария. Пока он был жив, борьба монарха и служилой знати не принимала жесточайших форм, которые придут в российскую политику через год после его кончины. А отношения между государем и Церковью надолго приняли благодатный характер симфонии — сотрудничества.
В середине 40-х годов XVI века произошло обострение отношений с Казанью, вылившееся в трудную затяжную войну. Первые походы на Казань, по всей видимости, не отличались особым размахом. Иван Васильевич в них не участвовал.
Первое масштабное зимнее наступление на Казань 1547/48 года сорвалось — как будто из-за ранней оттепели и таяния льда на реках. Иван Васильевич оставил армию и вернулся в Нижний Новгород. Похоже, сам государь не очень-то рвался участвовать в рискованном воинском предприятии. Между тем его воеводы, несмотря на путевые сложности, добрались до столицы Казанского ханства и нанесли под ее стенами полное поражение противнику.
Через два года Иван все-таки дошел до Казани, но так и не приступил к штурму. Простояв под городом недолгое время, царь вновь отступил по той же самой причине — из-за оттепели и дождей. Таким образом, для него эти походы были «мирными».
В 1552 году царь вновь встал во главе объединенных сил Московского государства, отправленных на Казань. По тем временам он был уже совсем взрослым человеком — ему исполнилось 22 года. Из его переписки с князем Андреем Курбским, бежавшим впоследствии за пределы России и перешедшим на службу к великому князю Литовскому, известны странные подробности очередного казанского похода. По всей вероятности, Иван Васильевич не ладил с собственными воеводами. Возможно, он даже опасался плена. «Когда мы Божьей волей с крестоносной хоругвью всего православного воинства ради защиты православных христиан двинулись на безбожный народ казанский, и по неизреченному Божьему милосердию одержали победу над этим безбожным народом, и со всем войском невредимые возвращались обратно, что могу сказать о добре, сделанном нам людьми, которых ты называешь мучениками? — напишет царь Курбскому. — А вот что: как пленника, посадив на судно, везли с малым числом людей сквозь безбожную и неверную землю! Если бы рука Всевышнего не защитила меня, смиренного, наверняка бы я жизни лишился. Вот каково доброжелательство к нам тех людей, о которых ты говоришь, и так они душой за нас жертвуют — хотят выдать нас иноплеменникам!»
Царские укоризны наводят на мысли иного рода: в армии во время большого похода государь не являлся полновластным хозяином и распорядителем. Отчасти это могло происходить от отсутствия у него опыта в ведении боевых действий, отчасти же — по причине мощного влияния аристократических кланов, видимо, истинных хозяев войска.
Вызывает определенное недоумение сама необходимость присутствия монарха в войсках, отправленных на Казань. В подавляющем большинстве случаев государями не рисковали, когда речь шла о большой и опасной воинской операции — против Крыма, ногаев или Казани. Очевидно, воеводы могли обойтись без молодого царя, не сведущего в тактике крупных соединений. Наступление на Казань натолкнулось на упорное сопротивление неприятеля, а движение по вражеской территории происходило в условиях нехватки пищи и воды. Вероятно, фигура государя потребовалась для воодушевления войск. Реальными же командующими были все те же большие воеводы, то есть та же служилая аристократия.