Вскоре после событий, связанных с болезнью, государь отправился в длительную поездку по иноческим обителям. Там он получал разного рода советы от церковных деятелей, обладавших незаурядным духовным авторитетом. Среди них — преподобный Максим Грек (Михаил Триволис) и видный иосифлянин Вассиан Топорков, лишившийся архиерейской кафедры в годы «Шуйского царства». Князь А. М. Курбский впоследствии прокомментировал эту встречу бранными словами, назвав Вассиана Топоркова «сыном дьявола» и обвинив его в дурных советах, поданных царю. С точки зрения беглого князя, именно они разрушили взаимопонимание Ивана Васильевича и Избранной рады. Конечно, Курбский и не мог иначе отнестись к рекомендациям, поданным государю в духе укрепления его, монаршей, власти. За счет кого ее можно укрепить? Только за счет той же служилой аристократии, не очень-то допускавшей царя к делам правления. Влияние на Ивана Васильевича стяжателей (хотя бы того же Вассиана Топоркова), неуютно чувствовавших себя рядом с боярской вольницей, весьма возможно. В те годы их поддержка могла воодушевлять царя.
На протяжении второй половины 1540-х — середины 1550-х годов наша аристократия сделала немало полезного для страны. Но она возжелала увековечить правящее свое положение на веки вечные, а в этом уже не был заинтересован никто, кроме нее самой. Рано или поздно подобное положение дел должно было привести к очередному острому конфликту с государем.
Так и вышло — когда стали обсуждаться перспективы активной внешней политики, Иван Васильевич вошел в противоречие с прежними ближайшими советниками и настоял на своем. Какие рычаги он при этом использовал, не вполне понятно. Возможно, создал партию своих сторонников из числа аристократов, одобрявших его курс на западном направлении. Во второй половине 50-х годов XVI столетия в связи с подготовкой и началом Ливонской войны царь вышел из-под контроля аристократического правительства, преодолел авторитет Избранной рады и начал проводить самостоятельный курс. Несколько лет спустя прежние лидеры Избранной рады оказались в опале и сошли с арены большой политики.
Воля царя, прежде стесненная, теперь освободилась от ограничений и устремилась к самовластию. Только самовластие давало царю возможность укрепить в мире истинный порядок, то и дело нарушаемый знатью.
Отношения государя с верхушкой военно-служилого класса на протяжении всего периода его правления никогда не были идиллическими. До середины 1540-х годов он вообще мало значил в делах правления — по малолетству и неискушенности. Конец 1540-х — 1550-е — время неустойчивого, но плодотворного для всей страны компромисса. Аристократы кое-чем поступились в пользу царя и кое в чем договорились между собой. Политические и материальные приоритеты у старомосковской знати за всё это время ничуть не изменились, память разнузданных лет «Шуйского царства» была свежа и грозила рецидивом — при первом же удобном случае. Государь научился сдерживать свой крайне эмоциональный, своевольный и бурный характер, возжелал потрудиться на благо державы, однако тепла в его общении со знатью увидеть невозможно…
Видимо, в ту пору очень большую роль играл авторитет Церкви. Именно он был скрепляющим материалом для всей конструкции, пребывавшей в динамическом равновесии. За многими реформами — прямо или косвенно — видится подвижническая фигура святителя Макария. Вероятно, его пастырское рвение сдерживало страсти и направляло хаотические выплески молодой нации в сторону правильного общественного строительства.
В первой половине 1560-х прежние деятели, составлявшие «буферную» группу Избранной рады, уходят в тень. Государь стремится усилить свою власть, и успехи первых лет войны за Ливонию как будто способствуют этому… Но именно тогда происходит несколько событий, пошатнувших Русский дом, до тех пор стоявший крепко. Во-первых, умерла (возможно, была отравлена) первая жена Ивана IV, Анастасия Захарьина-Юрьева (1560), и вместо нее рядом с царем оказалась Мария Темрюковна Черкасская, кавказская княжна, для которой собственно русский политический узор был делом не особенно интересным. Во-вторых, умер митрополит Макарий (1563). Военные успехи сменились неудачами. Жесткость царя и непокорство знати усилились, взаимно питая друг друга.
Итак, в середине 1550-х годов решалось, какое направление военных усилий станет основным: Ливония или Крым. Царь должен был сделать стратегический выбор.