Пять лет спустя, возможно, в связи с предыдущими баталиями вокруг «леонтианской ереси», вспыхнул новый конфликт. Некий «пронырливый и гордый льстец» Федорец, «ложный владыка», сделался епископом без поставления в Клеве. Когда-то Андрей Юрьевич видел в нем подходящую кандидатуру для Владимирской митрополичьей кафедры, но особой митрополии во Владимире не возникло. Федорец занимал кафедру епископа Владимиро-Суздальского, не имея на то законного подтверждения. Но, во-первых, митрополит Киевский считал своим долгом ставить епископов на Руси самому (а Федорец ему подчиняться не желал). А во-вторых, сей лукавец скоро показал недостойные свойства своей личности. Этот волк в святительской одежде вымогал «имение» у паствы, не гнушаясь пытками. Князь велел ему идти «ставиться» к митрополиту. Тот воспротивился и даже наложил интердикт на владимирские храмы: «Церкви все… повеле затворити и ключи церковные взял, и не бысть ни звонения, ни пения по всему городу». В мае 1169 года князь изгнал его из своей земли. Митрополит Киевский Константин увидел в Федорце не только лихоимца, но также злого еретика, богохульника. Его ослепили, урезали ему язык и отрубили правую руку.
Много хлопот доставили Андрею Юрьевичу новгородские дела.
Успехом его стал захват Волока Дамского, считавшегося тогда новгородским владением. В 1160 году новгородцы, поссорившись со Святославом Ростиславичем из-за жестокостей его отца и изгнав князя, попросили у Андрея к себе на княжение сына. Андрей хотел дать им брата Мстислава, но послы вечевой республики не согласились. Тогда он отправил в Новгород «сыновца», то есть племянника, — Мстислава Ростиславича. Тот в условиях новгородской вольницы продержался недолго. В феврале 1170 года князь Андрей послал с сыном Мстиславом большое войско к Новгороду, пытаясь подчинить вольный город себе. Новгородцы разбили суздальцев и, презирая «низовского» правителя, демонстративно распродали пленников. У Андрея, однако, оставался способ привести вечевую республику к покорности: он перекрыл новгородцам подвоз хлеба. Те сдались, и позднее Андрей Юрьевич дал им на княжение сына Юрия. Кажется, к исходу жизни он начал понимать отца, раздававшего земли сыновьям и другим родичам. Сыновья князя Андрея к тому времени умерли — все, кроме Юрия. И любящий отец отдал ему самое дорогое свое завоевание — смирившийся Новгород.
Дела киевские вынудили Андрея Юрьевича к двум походам, вероятнее всего, для него нежеланным. Он крепко сидел в своем Владимире и с давних лет не думал о завоеваниях на юге. Но само положение одного из ведущих политиков страны заставило князя действовать противно его устремлениям.
В 1169 году Андрей Юрьевич собрал войско из дружин одиннадцати князей, полков суздальских, ростовских и владимирских. Командование он вручил сыну Мстиславу. Армия эта направилась к Киеву. Мстислав Андреевич три дня осаждал «стольный град», который крепко обороняла дружина тамошнего князя Мстислава Изяславича. Северянам удалось сломить сопротивление осажденных. Сам киевский правитель ускакал «с малой дружиной», а супруга его, сын и большинство ратников попали в плен. На протяжении трех суток город подвергался разграблению, притом храмы и монастыри исключением не стали. Летописец, оправдывая действия северорусского воинства, пишет, что они имели смысл Божьей кары за грехи митрополита, впавшего в «леонтианскую ересь» и даже запретившего в служении печерского игумена Поликарпа. Так или иначе, грязная вышла, отвратительная история. Оправдание ее выглядит некрасиво. Впрочем, нельзя забывать: киевский погром — дело рук Мстислава Андреевича, а не самого Андрея Боголюбского. Тот оставался на севере и души не замарал.
Изгнание врагов из Киева требовалось Андрею только для того, чтобы они не могли использовать ресурсы Киевщины для борьбы с его собственным княжеством. Андрей не заинтересовался Киевом, его сыновья и близкие родичи один за другим отказывались от здешнего «стола», очень хорошо понимая: всё самое важное для них сосредоточено во Владимиро-Суздальской земле. Если прежде политическая жизнь Руси сходилась в великий перекресток именно в стенах киевских, то теперь новые центры сосредоточивали ее на себе. Владимир быстрыми шагами обгонял Киев. Из Владимира, волей Андреевой, второстепенные князья его рода ставились теперь на управление Киевщиной.
Когда неприятели Андрея лихим ночным набегом достигли Киева, ворвались за стены и пленили его младшего брата, он исправил дело привычным способом. На юг отправилась вся воинская сила его земли во главе с воеводой Борисом Жидиславичем, а также новгородцы с князем Юрием Андреевичем. Двадцать князей с дружинами присоединились к армии Андрея Боголюбского! Киев сейчас же был оставлен его врагами, правда, осада их твердыни, Вышгорода, закончилась неудачно.
Неудача эта роковым образом ударила по представлению о могуществе, о практическом всевластии Андрея Юрьевича на Руси.