Аральская военная флотилия была сформирована штабом Туркестанского фронта в апреле 1919 года для борьбы с белогвардейцами и басмачами. Главная база — Аральск. В связи с окончанием Гражданской войны была расформирована в ноябре 1920 года.
Флотилией командовали: Петров А.К. (4–8.1920); Щениовский С.К. (8–11.1920).
Астрахано-Каспийская военная флотилия была сформирована в октябре 1918 года на базе кораблей и личного состава военного флота Астраханского края. Главная база — Астрахань. Флотилия вела боевые действия против белогвардейцев и интервентов на Нижней Волге и Каспийском море, содействовала усилиям войск Красной Армии на астраханском и царицынском направлениях. В июле 1919 года ее состав был объединен с Волжской военной флотилией в Волжско-Каспийскую военную флотилию.
Командующие: Сакс С.Е. (10.1918–5.1919); Раскольников Ф.Ф. (6–7.1919).
Байкальская военная флотилия была создана как местное формирование в июне 1918 года решением Иркутского ревкома для охраны судоходства и борьбы с контрреволюцией. В августе 1918 года белогвардейские части захватили базу (Лиственичное — в истоке реки Ангары) и корабли флотилии.
Ее второе формирование началось в феврале 1921 года на базе кораблей расформированной Сибирской военной флотилии. Главная база — Иркутск. Корабли Байкальского дивизиона участвовали в боях с белогвардейскими частями и бандами на реках Ангара и Селенга. В связи с окончанием боевых действий флотилия (дивизион сторожевых кораблей) была расформирована в августе 1922 года.
Командующие: Власов Л.М. (6–8.1918); Попов М.Н. (2.1921–1.1922); Белановский Н.А. (1–6.1922); Игумнов Б.А. (6–8.1922).
Беломорская военная флотилия была сформирована в марте 1920 года с главной базой в Архангельске. В апреле этого же года она была переименована в Морские силы Северного моря, насчитывавшие 1 линейный корабль, 3 вспомогательных крейсера, 1 подводную лодку, 4 эсминца, 4 тральщика, 8 ледоколов, 3 дивизиона морских и речных катеров и другие суда.
Командующий — Варваци В.Н. (3–4.1920).
Военно-Волжская флотилия (Царицынский отряд) была создана в июне 1918 года как местное формирование для обороны Царицына, где и находилась ее база. В октябре этого же года вошла в состав Волжской военной флотилии.
Командующие: Гернет Е.С. (6–7.1918); Золотарев П.И. (7–9.1918); Лукашев В.Л. 9–10.1918).
Военно-речная флотилия советской Латвии была создана в марте 1919 года из двух отрядов (Приморского и Западнодвинского речного) для обороны Рижского залива и устья Западной Двины. Флотилия базировалась в Риге и Витебске. В мае 1919 года германские войска овладели Ригой и захватили корабли Приморского отряда. Второй отряд в ноябре 1919 года был переформирован в Западно-двинскую военную флотилию.
Командующие: Бернгард Р.М. (3–5.1919); Серебренников Н.Н. (6–11.1919).
Военный флот Астраханского края был создан в апреле 1918 года как местное формирование для борьбы с контрреволюцией. В октябре этого же года был реорганизован в Астрахано-Каспийскую военную флотилию.
Командующий — Коптев П.В. (4–10.1918).
Волжская военная флотилия была создана в июне 1918 года для борьбы с контрреволюцией и охраны Волжского водного пути. Главная база — Нижний Новгород. Поддерживала действия войск РККА при обороне и взятии Казани, в Ижевско-Воткинской операции, в боях с частями генерала Колчака на реках Белая, Вятка, Уфа. В июле 1919 года была объединена с Астрахано-Каспийской флотилией в Волжско-Каспийскую военную флотилию.
Командующие: Бернгард (3–22.8.1918); Раскольников Ф.Ф. (23.8–11.1918); Варваци В.Н. (11.1918–4.1919); Смирнов П.И. (4–7.1919).
Волжско-Каспийская военная флотилия была образована в результате объединения Астрахано-Каспийской и Волжской флотилий в июле 1919 года. Главная база — Астрахань, Баку (с мая 1920). Флотилия вела активные боевые действия против интервентов и белогвардейцев в Нижнем Поволжье и на Каспийском море. 5 июля 1920 года флотилия была переименована в Каспийский флот, который с середины июля стал именоваться Морскими силами Каспийского моря.
Командующие: Раскольников Ф.Ф. (7.1919–6.1920); Векман А.К. (6–7.1920).
Вольская военная флотилия была создана в апреле 1918 года как местное формирование с базой в г. Вольске. Принимала участие в боях с белогвардейцами и белочеха-ми, содействовала войскам Красной Армии в освобождении Вольска, Сызрани, Самары. В октябре 1918 года вошла в состав Волжской военной флотилии.
Командующий — Цыганков С.С. (4–10.1918).
Волхово-Ильменская озерно-речная военная флотилия была создана в мае 1918 года для содействия войскам Новгородского боевого участка завесы, а затем 7-й армии в перевозке грузов, охране мостов и переброске личного состава на озере Ильмень, реках Волхов, Сясь, Мета. Главная база — Новгород. Расформирована в феврале 1919 года, часть кораблей и личного состава были переданы в Онежскую военную флотилию.