Командующие: Лукин П.И. (6–10.1920); Ерохин Н. (10–12.1920).
Морские силы Дальневосточной Республики были сформированы в апреле 1921 года на базе кораблей Амурской флотилии и прибывших с озера Байкал. В январе 1922 года флотилия была переименована в Народно-революционный флот Дальневосточной Республики, вошедший в состав Морских сил Дальнего Востока. Главная база — Благовещенск.
Командующие: Подерни В.А. (4.1921–12.1921); Попов А.Л. (1–11.1922).
Морские силы Дальнего Востока были созданы в ноябре 1922 года после освобождения Дальнего Востока от интервентов и белогвардейцев. В их состав вошли Амурская флотилия и корабли, находящиеся во Владивостоке. Морские силы были расформированы в сентябре 1926 года, в результате реорганизации была выделена самостоятельная Дальневосточная флотилия с главной базой во Владивостоке.
Морские силы Северного моря были созданы в апреле 1920 года на базе кораблей и личного состава Беломорской военной флотилии. Главная база — Архангельск. Были расформированы в январе 1923 года.
Онежская военная флотилия была сформирована в июне 1918 года Военным советом Северного участка отрядов завесы и Петроградского оборонительного района. В феврале 1919 года перешла в подчинение командования Морских сил Республики. Главная база — Петрозаводск. Корабли флотилии совместно с войсками Северного, а затем Западного фронтов вели боевые действия с белогвардейцами и интервентами на Онежском и Ладожском озерах. Флотилия была расформирована в марте 1920 года.
Командующие: Федотов Д.И. (6–11.1918); Панцержанский Э.С. (11.1918–3.1920).
Припятская военная флотилия была сформирована в июле 1919 года на реке Припять для совместных действий с войсками Западного фронта против интервентов и белогвардейцев в районе города Турова. Главная база — Мозырь. Флотилия обеспечивала переброску войск Красной Армии и перевозку грузов. Была расформирована в сентябре 1919 года. Ее корабли и личный состав вошли в состав Днепровской военной флотилии.
Командующие: Иокиш Н.А. (7–8.1919); Пашкин П.И. (8–9.1919).
Рижская военная флотилия была сформирована в октябре 1917 года. 21 февраля 1918 года из-за угрозы захвата германскими войсками все суда флотилии, находившиеся на зимней стоянке в Пернове, были взорваны.
Сайменская озерная флотилия в октябре 1917 года перешла на сторону большевиков. Главная база — Вуоксенниска. В апреле 1918 года была расформирована в связи с отделением Финляндии от России и эвакуацией с ее территории русских войск.
Командующий — Рябинин Н.А. (10.1917–4.1918).
Северодвинская военная флотилия была сформирована в августе 1918 года для действий против интервентов и белогвардейцев на реке Северная Двина. База — Котлас. Флотилия подчинялась командованию Северного фронта, осуществляла артиллерийскую поддержку войск Красной Армии, высаживала десанты, обеспечивала воинские и народно-хозяйственные перевозки. 26 мая 1920 года флотилия была расформирована, ее корабли вошли в состав Морских сил Северного моря.
Командующие: Пронский К.И. (8.1918–6.1919); Варваци В.Н. (6.1919–2.1920); Престин Е.К. (2–4.1920); Ауэрбах Е.Е. (5.1920).
Селигеро-Волжская военная флотилия была сформирована в мае 1918 года для осуществления перевозки воинских и народно-хозяйственных грузов. База — Осташков. Расформирована в октябре 1918 года, ее корабли были переданы в состав Волхово-Ильменской озерно-речной и Северодвинской военной флотилий.
Командующий — Столица П.К.
Сибирская военная флотилия (создана на Тихом океане в 1856 году) в декабре 1917 года перешла на сторону советской власти. В июле 1918 года ее корабли были захвачены белогвардейцами и интервентами.
Второе формирование было осуществлено в декабре
1919 года. Вела боевые действия вместе с частями Красной Армии на реках Сибири. В мае 1920 года флотилия перебазировалась на озеро Байкал, где в нее вошли Байкальский и Ленский отряды судов. Флотилия находилась в подчинении Морских сил Республики. Главная база — Иркутск. Была расформирована в феврале 1921 года, корабли переданы Байкальскому дивизиону сторожевых судов и Морским силам ДВР.
Командующий — Попов М.Н.
Сырдарьинская военная флотилия была сформирована в мае 1922 года на базе Сырдарьинского отряда сторожевых кораблей, переданного Туркестанскому фронту из Амударьинской военной флотилии (ноябрь 1921). База — Ходжент. Корабли флотилии содействовали войскам Красной Армии в разгроме белогвардейцев и басмачей, обороняли водные коммуникации и рыбные промыслы. Была расформирована в июне 1922 года в связи с окончанием боевых действий.
Темрюкская военная флотилия была сформирована в сентябре 1920 года на базе Темрюкского отряда судов для борьбы с контрреволюцией на Кубани. Входила в состав укрепленного района восточного (Кавказского) побережья Черного моря. В связи с окончанием военных действий на Кубани флотилия была расформирована 20 января 1921 года.
Командующий — Мандельштам Е.В.