Не мог такой горячий ревнитель православия, как Могила, не принять участия в полемике с католиками. Когда один из отступников от православия, перешедших сначала в унию, а потом в католичество, осмеял собор, созванный Могилой в 1642 году для улучшения церковных дел, и затем в длинном сочинении изобразил недостатки православной церкви, то Могила написал большое сочинение «Лифос», или «Камень», где он рассуждает о таинствах, обрядах, церковном уставе, главных отличиях восточной церкви от западной и о печальном состоянии православной церкви.
Но более всего Могила направил свои заботы на школу. Киевскую братскую школу он преобразовал в коллегию, устроил при братстве типографию и монастырь, где жили монахи, наставники школы; подарил коллегии свое собственное село, постоянно давал деньги на постройки, помогал учителям и ученикам, своим примером увлекая и других к пожертвованиям.
Могила понимал вполне, что для спасения православия необходимы такие борцы, которые знаниями не уступали бы своим противникам — образованным католикам, — и целью его стало создать рассадник вполне просвещенных духовных лиц.
Управлением и всем строем коллегия Могилы походила на иезуитские коллегии. Во главе заведения стоял ректор; он был вместе с тем игуменом братского монастыря и профессором богословия.
Помощником его был префект. Кроме этих двух начальствующих лиц, выбирался на известный срок суперинтендант, наблюдавший за поведением учеников. Некоторые из них, более благонравные, должны были ему помогать в этом деле. Часть учеников жила за счет коллегии в ее доме, так называемой бурсе.
Учебный курс распадался на две части, низшую и высшую. Низшая делилась на шесть ступеней, или классов. Фара, или аналогия, — здесь обучали чтению и письму на славянском, латинском и греческом языках; инфима — класс первоначальных сведений; затем следовали классы грамматики и синтаксимы — в этих двух классах изучались грамматические правила трех вышеупомянутых языков, объяснялись и переводились разные сочинения, преподавались катехизис, арифметика и пение. В следующем классе — поэзии — обучали пиитике, то есть правилам стихосложения, приучали учеников писать стихи, или, как называли тогда их, вирши (versus). За классом поэзии шел класс риторики — науки, излагавшей правила красноречия. Здесь ученики упражнялись в сочинении речей и рассуждений. Самыми высшими были два класса: философии и богословия. Курс первого продолжался два года, а второго — четыре. В последнем классе, кроме изучения разных богословских предметов, обращалось большое внимание на составление проповедей.
Направление преподавания было так называемое схоластическое: считали, что все знания, возможные для человека, заключаются в Святом Писании и в сочинениях Аристотеля. Внимание наставников было обращено не на то, чтобы при помощи разнообразных сведений развить умственную пытливость учеников, пробудить в них желание доискиваться новых истин и знаний, а лишь на то, чтобы придать уму гибкость, сноровку, способность ловко доказывать данные истины. Такое направление господствовало в те времена как в иезуитских коллегиях, так и в большинстве западноевропейских школ и университетов.
Преподавание всех наук, кроме славянской грамматики и православного катехизиса, велось на латинском языке. Ученики обязаны были и между собой постоянно говорить по-латыни.
Заведены были даже нотаты, или листки, где записывалось имя того ученика, который, говоря по-латыни, ошибался или проговаривался нелатинским словом. Такой листок оставался у виновного до тех пор, пока ему не удавалось поймать на подобном же промахе своего товарища, которому он и передавал нотату. Плохо приходилось тому, у кого этот листок оставался на ночь, — его секли.
Такое предпочтение латинскому языку объясняется тем, что в те времена, как известно, он был общим языком науки: на нем писались сочинения, велись диспуты, а кроме того, он употреблялся на судах и сеймах.
Господство латинского языка в киевской коллегии чуть было не навлекло на нее большой беды. Пошла молва, что наставники коллегии, воспитанные за границей, хотят совратить юношество в латинство. И вот раз буйная толпа черни под предводительством казаков приступила к коллегии и грозила сжечь ее и перебить наставников. Насилу удалось образумить толпу.