Расстрел Амира Загаева имел для братьев Басаевых неожиданные последствия. Дело в том, что прозагаевские структуры ухватились за этот беззаконный акт и стали тиражировать информацию о якобы садистском умерщвлении Загаева путем расчленения на центральной площади Ведено. Чтобы оправдаться, Шамиль Басаев приказал показать по чеченскому телевидению видеозапись суда и расстрела старика, чем спровоцировал серьезный конфликт.
Старший сын казненного Амира Загаева объявил Басаевым «чир» (кровную месть), во всеуслышание заявив, что его отец казнен без всяких доказательств его вины. В ответ Басаевы стали распространять слухи, что старик якобы устанавливал в горах «маяки» для российской авиации. Особое раздражение родственников Загаева вызвала демонстрация суда по телевидению: это обесчестило фамилию Загаевых. Басаевы собрали делегацию старейшин тейпа Беной и, согласно обычаям, отправили ее к младшему Загаеву, который вел образ жизни абрека, с предложениями мира. Тот отказался, хотя суммы откупа, предлагавшиеся от имени Шамиля, достигли 2 миллионов долларов.
Через год младший Загаев с сообщниками штурмом захватили в центре Грозного здание правительства и взяли в заложники Шервани Басаева — на тот момент главу департамента нефтяной промышленности. Через несколько часов Загаев отпустил Шервани, по всем правилам «вайнахского этикета» извинившись за вынужденное похищение, но напомнив о кровной мести. Конфликт исчерпан не был.
После Буденновска Басаев стал в глазах многих чеченцев былинным героем. Но не за военные качества налета на беззащитный город в Ставрополье, а за минимальные для такой операции потери. Родственники оставшихся в живых боевиков просто боготворили его, поскольку на подобный исход никто не надеялся. Перед началом рейда всех его участников заранее отпели по исламским традициям как «шахидов» (погибших за веру), и их «воскрешение» сделало Шамиля полубогом даже для тех, кто ранее его недолюбливал.
Вторая фаза войны в Чечне стала для Басаева неудачной. После тяжелого ранения он потерял ногу, федеральные войска уничтожили большую часть его отряда.