Чеченцев в Абхазии недолюбливали. Отряд Ханкарова был практически неуправляем и зачастую не подчинялся приказам вышестоящего командования. Основные руководящие посты в абхазской армии заняли адыги (так называют этнически близких друг другу кабардинцев, черкесов и адыгейцев). В частности, министром обороны стал кабардинский полковник-"афганец" Солтан Сосналиев, а начальником штаба армии — адыгеец Амин Зехов. Конфликт между «западным» (адыгским) и «чеченским» крыльями КНК на уровне армии перерос в отстранение протеже Дудаева Шамиля Басаева от реального планирования боевых операций. Однако, формально Басаев считался одно время «командующим гагринским фронтом». Но планировал и осуществлял операцию по освобождению Гагры не он. Собственно говоря, именно Хамзат Ханкаров стал реальным героем абхазской войны, а последующие действия Басаева были направлены в основном на то, чтобы присвоить себе его лавры, что частично Шамилю удалось.
Басаев всегда последовательно и жестко занимал сторону Джохара Дудаева в любых внутричеченских конфликтах. Он не мог, однако, опираться на «абхазских ветеранов», которые куда больше доверяли Ханкарову, а не ему.
Перелом наступил в декабре 1993 года, когда значительная группа полевых командиров, в том числе бывший председатель комитета парламента Чечни по вопросам безопасности полковник Ибрагим Сулейменов, бывший начальник ОМОНа Салман Чечаев, командир полка спецназа Руслан Гелаев, комендант Шалинского танкового полка Сайпутдин Исаев и Хамзат Ханкаров, потребовала от Дудаева назначить своих людей на посты премьер-министра и министра обороны. Эти должности в тот период совмещал сам Джохар, а мятежники предлагали на пост премьера главного нефтяного магната Албакова. Абхазские ветераны приняли сторону Ханкарова и составили костяк вооруженной оппозиции Дудаеву.