Прокурор одним из первых подхватил тезис Сталина о том, что при определенных условиях "законы придется отложить в сторону". Среди многих научных трудов академика Вышинского особенно высоко в те времена ценилась монография "Теория судебных доказательств в советском праве". Именно в ней приводился один из главных постулатов древних, который активно и гипертрофированно эксплуатировался репрессивной машиной: "Признание обвиняемого — царица доказательств".
Особыми директивами НКВД разрешалось добывать это признание с помощью "специальных методов дознания", то есть с помощью пыток. Немногие вышедшие из застенков ГУЛАГа живыми и в своем уме рассказывали об этих "специальных методах" такое, что волосы становились дыбом. Многие из этих методов удивительно напоминают способы дознания святой инквизиции во времена мрачного Средневековья.
На одном из допросов нарком внутренних дел Ежов рассказал, что идею о непригодности гуманного отношения к "врагам народа", отказывавшимся говорить "правду", подал Сталину именно Вышинский во время расследования дела Тухачевского. Сталин на это якобы сказал: "Ну, вы смотрите сами, а Тухачевского надо заставить говорить все и раскрыть свои связи. Не может быть, чтобы он действовал у нас один…" Физическое воздействие на подследственных Ежов называл "санкциями". По его словам, Вышинский заверил, что органы прокуратуры не будут принимать во внимание заявления арестованных о побоях и истязаниях. Как показал Ежов, Вышинскому же принадлежит одобренная Сталиным идея создания так называемых троек, внесудебных органов с широкими полномочиями в составе начальника областного управления НКВД, прокурора области и секретаря обкома партии.
Если первое время с юридическими новациями Вышинского полемизировали, в частности, нарком юстиции Крыленко и выдающийся ученый-юрист, директор Института права Академии наук СССР Пашуканис, то после физического устранения Крыленко, Пашуканиса и других ученых-"спорщиков" в теоретическую схватку с Андреем Януарьевичем уже никто не вступал.
Советские газеты печатали речи прокурора на первых полосах: "Пройдет время. Могилы ненавистных изменников зарастут бурьяном и чертополохом, покрытые вечным презрением честных советских людей, всего советского народа. А над нами, над нашей счастливой страной, по-прежнему ясно и радостно будет сверкать своими светлыми лучами наше солнце. Мы, наш народ, будем по-прежнему шагать по очищенной от последней нечисти и мерзости прошлого дороге, во главе с нашим любимым вождем и учителем — великим Сталиным — вперед и вперед, к коммунизму!" Подобный пафос прикрывал откровенную топорность и нелепость предъявляемых обвинений. Бухарина, например, обвиняли в том, что он начал свою шпионскую деятельность против советского строя… в 1912 году, когда строя еще не существовало вовсе. Но абсурд абсолютно никого не смущал, даже некоторые иностранные журналисты писали, что обвинения скорее всего совершенно правдивы. В кинотеатрах шел документальный фильм "Приговор суда — приговор народа", снятый в марте 1938 года на процессе Бухарина и Рыкова. И с киноэкрана Вышинский, распаляясь, кричал: "Изменников и шпионов расстрелять, как поганых псов! Раздавить проклятую гадину!", призывал уничтожить "вонючую падаль" и "бешеных собак".
Бывший Главный военный прокурор СССР Н. П. Афанасьев (при Вышинском он занимал должность прокурора Орловского военного округа) рассказывал: "Так каков же был Вышинский? Внешне строгий, требовательный — в общем, человек, чувствующий свой "вес", явно показывающий, что близок к "верхам", и сам являющийся одним из тех, кто на самом верху вершит дела. Таким Вышинский был перед подчиненными. А на самом деле Вышинский был человек с мелкой душонкой — трус, карьерист и подхалим. Так что вся "значимость" Вышинского — позерство и трюки провинциального актера, до смерти боящегося за свою карьеру, а главное, конечно, за свою меньшевистскую шкуру".
Прокурор ревностно исполнял свои обязанности, стараясь преданным служением "отцу народов" загладить свое меньшевистское прошлое и боясь, что ему припомнят не только "грехи молодости", но и деяния настоящего. Ведь он знал очень многое. Не мог Вышинский не помнить и того, какая судьба постигла Николая Васильевича Крыленко, которого он сменил в 1931 году на должности Прокурора РСФСР.