17 января 1940 года состоялась очная ставка Рогинского с одним из основных его "разоблачителей", бывшим прокурором Приморской области А. А. Любимовым-Гуревичем. Григорий Константинович назвал эти показания "ложью и клеветой". Но в тот же день, устав от бесплодной борьбы, он пишет письмо на имя Берии. "Настоящим заявляю, что прекращаю сопротивление следствию и стану на путь признания своей заговорщической работы против Советской власти. Подробные показания дам на следующих допросах. Я должен собраться с мыслями и вспомнить все подробности вражеской работы, как своей, так и своих сообщников". Спустя два дня на этом заявлении появилась резолюция Кобулова: "Т. Сергиенко. Допросить срочно и подробно Рогинского и доложить".
По всей видимости, своим письмом Рогинский хотел добиться небольшой передышки, а вовсе не имел намерения давать развернутые признательные показания — во всяком случае, их в деле нет. А вот в протоколе допроса от 9 марта 1940 года записано: "Участником антисоветской правотроцкистской организации я никогда не был, поэтому виновным себя в предъявленном мне обвинении я не признаю. Я признаю себя виновным лишь в том, что, работая заместителем Прокурора Союза ССР, я вместе с другими лицами допустил в своей работе рад преступных, по существу, антисоветских действий, за которые я должен нести уголовную ответственность".
Далее произошел следующий характерный диалог со следователем:
Вопрос. В чем же конкретно заключалась ваша антисоветская деятельность в Прокуратуре СССР?
Ответ. Я сейчас не могу дисциплинировать свои мысли для того, чтобы рассказать о всей своей работе. Мне нужно изменить обстановку, тогда я расскажу все о своей преступной деятельности.
Вопрос. Что же вы хотите, выпустить вас на свободу?
Ответ. Я прошу, чтобы меня из внутренней тюрьмы НКВД перевели в другую тюрьму с более облегченным режимом, и тогда я начну давать показания о всей своей преступной работе.
Вопрос. Рогинский, вы государственный преступник, и вам надлежит говорить на следствии не об облегчении тюремного режима, а о своих вражеских делах. Прекратите крутиться и приступайте к показаниям.
Ответ. Прошу мне изменить тюремные условия. Я не в состоянии рассказывать следствию о своих преступлениях.
Вопрос. До сих пор упорно не желаете давать показания, ссылаясь на свое нервное расстройство. Прекратите свои увертки и говорите правду о ваших враждебных делах.
Ответ. Я уже говорил, что при таком психическом состоянии, в котором я сейчас нахожусь, я не могу давать показания о своих преступлениях.
Вопрос. Из имеющегося у следствия акта психиатрической экспертизы видно, что ваше нервное расстройство — сплошная симуляция. Не валяйте дурака, а приступайте немедленно к показаниям.
Ответ. Я не симулянт. Все мои мысли направлены к тому, чтобы дисциплинировать себя и приступить к показаниям о своей преступной работе. Но я не могу взять себя в руки.
В полночь допрос был окончен. На этот раз следователю не удалось заставить его заговорить. Следующий раз допрашивали его ночью 29 марта 1940 года, но он снова заявил, что в "этой тюрьме" не может давать показания, и просил перевести его в другую, с более "щадящим" режимом.
Только через год, в Сухановской тюрьме, следователям удалось вырвать у Рогинского признание, что еще в 1929 году, в период пребывания на Северном Кавказе, у него возникло сомнение в правильности политики партии, а позже он, являясь участником правотроцкистской организации, вел активную борьбу с партией и Советским правительством "путем проведения подрывной работы в органах прокуратуры".
В показаниях, данных 28 июня 1941 года, Рогинский сказал: "Начиная с 1936 г. по заданию организации я проводил вредительскую работу в Прокуратуре Союза ССР по трем линиям, а именно: по жалобам, по делам прокурорского надзора и по линии санкционирования необоснованных арестов".
Хотя Г. К. Рогинский говорил о своих "преступлениях" лишь в общих чертах, не приводя никаких конкретных фактов, следователя вполне устроили его показания, и он стал готовить для направления в суд дело, разбухшее уже до двух больших томов.
Кроме показаний Рогинского, к нему были приобщены протоколы допросов других лиц, соприкасавшихся с ним по работе (некоторые "обвинители" Рогинского к тому времени были уже расстреляны), — в частности, показания наркома внутренних дел Ежова, его заместителя Фриновского, наркома юстиции СССР Крыленко, бывших прокурорских работников: Леплевского, Деготя, Острогорского, Бурмистрова, Розовского и других.
7 июля 1941 года следователь 6-го отделения 2-го отдела следственной части НКГБ лейтенант госбезопасности Домашев составил обвинительное заключение, подписанное руководителями следственной части и утвержденное заместителем наркома госбезопасности СССР комиссаром госбезопасности 3-го ранга Кобуловым. Через два дня на нем появилась резолюция заместителя Прокурора Союза ССР Сафонова: "Обвинительное заключение утверждаю. Направить дело в В[оенную] Коллегию] Верхсуда СССР".