Деятельность Щегловитова подвергалась критике со всех сторон. Резко выступали против него некоторые депутаты Государственной думы, в частности, В. А. Маклаков, который приводил убедительные факты того, что прокуроры, подчиненные Щегловитову как генерал-прокурору, часто подминались местной властью. Именно при нем были введены военно-полевые суды, когда на дознание, предварительное следствие, судебную процедуру и исполнение приговора отводилось всего двое суток — "скорострельность" чудовищная. И хотя идея их создания принадлежала не Щегловитову, и даже есть сведения, что он вовсе ее не одобрял, однако ему ничего не оставалось, как согласиться с волей государя.
Социалисты-революционеры немедленно дали свой ответ на введение военно-полевых судов. В 1906–1908 годах они объявили настоящую охоту на высших должностных лиц империи и провели ряд террористических актов. Считая Щегловитова главным проводником репрессий в стране, они вынесли ему смертный приговор и готовили покушение, но их попытки не увенчались успехом.
По мнению современников, щегловитовская юстиция самым печальным образом отразилась на деятельности суда. Никогда еще со времени введения Судебных уставов 1864 года судебные установления не падали так низко в общественном мнении. И. В. Гессен считал, что при нем "вплоть до Сената судебные учреждения насквозь пропитались угодливостью, разлагающей все устои правосудия". И еще одно, более жесткое его высказывание: "Суд превращен в капище беззакония". Ярким примером тому служит связанное с именем Щегловитова одиозное дело Бейлиса, который в конце концов оказался оправданным, несмотря на все подлоги и подтасовки.
В июле 1915 года, под давлением демократических кругов, император вынужден был отправить слывшего "безнадежным реакционером" И. Г. Щегловитова в отставку с поста министра юстиции, однако сохранил ему остальные должности. Но за этим последовал неожиданный взлет. В декабре 1916 года его вдруг приглашает Николай II и предлагает должность председателя Государственного совета. Указ об этом назначении опубликован 1 января 1917 года. Одновременно с этим назначением он получил и орден Святого Александра Невского.
Сведений о личной жизни Щегловитова сохранилось мало. Лишь отдельные крупицы, разбросанные по разным воспоминаниям, позволяют нарисовать более или менее целостный портрет российского министра юстиции.
Иван Григорьевич был женат три раза. Первой его женой была княжна Оболенская. От этого брака у него был сын Константин, родившийся в 1884 году, и дочь София. Вторично он женился на дочери действительного статского советника Детерихса, Елене Константиновне. В 1895 году у них родилась Дочь Анна. Третьей супругой Щегловитова стала вдова статс-секретаря С. А. Гецнера, Мария Федоровна, урожденная Куличенко. Родившаяся от этого брака дочь Мария умерла в младенчестве.
По словам современников, Щегловитов познакомился с Марией Федоровной случайно, во время личного приема. Она пришла к нему хлопотать за своего брата-революционера, арестованного по какому-то делу в Харькове. До женитьбы Иван Григорьевич был "в домашнем обиходе под башмаком своей матери, своевольной и скупой старухи". Мария Федоровна вполне заменила ее в роли "домашнего цербера". Женщина умная и тщеславная, она имела огромное влияние на Ивана Григорьевича. Ходили слухи, что она рассматривала даже бумаги, поступавшие в Министерство юстиции, и делала на них для мужа пометки, ставя крестики, когда дело, по ее мнению, подлежало решить в положительном смысле, и нолики — в отрицательном.
Министр юстиции Щегловитов, при всех своих недостатках, был все же человеком доступным и общительным. Он не кичился своими званиями и чинами и мог, например, в самый разгар бала запросто чуть ли не на час увлечься оживленной беседой о литературе и искусстве с малознакомым ему пятнадцатилетним пареньком, пришедшим с родителями. Все сослуживцы знали, что Щегловитов не любит никаких ходатайств, особенно по политическим делам, неохотно их выслушивает и почти никогда не исполняет. "Холодный и жестокий, этот вечно улыбающийся и готовый улыбаться высокий старик с розовыми щечками неизменно отвергал все "протекции" о помиловании или снисхождении", — писал о нем мемуарист Крыжицкий. Однако и у него были уязвимые места. Как "большой ухажер и галантный кавалер" он не мог устоять перед просьбой какой-нибудь эффектной женщины. К тому же он был страстным театралом, чем тоже иногда пользовались знавшие его лица.