Несмотря на напряженные отношения с Абакумовым, возглавившим в 1946 году Министерство государственной безопасности, Судоплатов благополучно пережил все политические перипетии последнего периода сталинского правления. В том числе и самого Абакумова, арестованного в 1951 году. Еще до ликвидации в том же 1946 году возглавляемого им 4-го управления, Судоплатов возглавил отдел «ДР» — службу проведения диверсий и актов индивидуального террора. Под разными вывесками он занимался этой деятельностью до конца карьеры в МТБ. Как я уже писал в самом начале книги, он признавал и во время следствия, и в мемуарах, что во второй половине 40-х годов был организатором четырех политических убийств внутри страны. Обставлялись эти убийства как несчастные случаи или внезапные заболевания. Тогда в дело шёл яд. Уже упоминавшемуся мной греко-католическому епископу Ромже, например, сначала организовали автомобильную аварию, а когда он в ней выжил, добили в больнице ядом. Кстати говоря, в 2001 году во время визита Папы Римского Иоанна Павла II на Украину Теодор Ромжа был причислен к лику блаженных. То есть, согласно традициям католической церкви, стал кандидатом в святые.
Это убийство, по-видимому, роковым образом отразилось на судьбе Судоплатова. После прихода к власти Хрущёва и его антисталинских выступлений, бывший «главный диверсант» страны стал для нового советского вождя, якобы не причастного к преступлениям сталинского времени, опасным свидетелем того, какие преступные приказы он отдавал. 21 августа 1953 года Судоплатов был арестован как «приспешник Берии». Он вспоминал, что в тюрьме его не били, но не давали спать. На Лубянке он теперь числился как заключенный № 8. Под первым номером проходил Берия. Единственный шанс выжить Судоплатов видел в том, чтобы максимально затягивать следствие, надеясь, что очередные политические перемены сделают его расстрел необязательным. Вспомнив как его, тогда еще молодого сотрудника ОПТУ, готовили к нелегальной работе за границей, возможному аресту и пыткам, Судоплатов постепенно отказался от пищи, а потом перешёл к полной голодовке. В результате он смог погрузить себя в состояние психологического ступора. Его перевели в тюремную больницу и даже на несколько месяцев отправили в Ленинград, в психиатрическую больницу при «Крестах». Пройдет совсем немного лет, и после Судоплатова этот скорбный путь пройдут первые советские диссиденты. Образцом для него служил известный дореволюционный большевистский боевик Камо, сумевший, симулируя такой ступор, провести даже немецких психиатров. Особенно тяжело было выдержать спинномозговую пункцию, проводившуюся без наркоза. Ведь пациент должен был показать, что не чувствует боли. Судоплатов прошел через это испытание дважды. Кормили его принудительно, выбив при этом несколько передних зубов. И хотя врачи так до конца ему и не поверили, он добился главного — шло время. На воле прошёл XX съезд КПСС, осудили «антипартийную группу» Молотова и компании. В результате Судоплатов получил «всего» пятнадцать лет.