Застигнутый врасплох государь вышел к народу и обещал, что «в том деле учинит сыск и указ». «И те люди говорили царю и держали его за платье за пуговицы: “чему де верить?” И царь обещался им Богом и дал им на своём слове руку, и один человек ис тех людей с царём бил по рукам». Каково было самодержавному государю терпеть такое от своих «холопей»? Алексею Михайловичу всё же удалось уговорить возмущённых людей, и они двинулись было обратно. Но вскоре явилась новая толпа и потребовала: «...будет он добром им тех бояр не отдаст, и они у него учнут имать сами». Однако подоспели три стрелецких полка и у стен дворца началась бойня — погибли и утонули в Москве-реке около девятисот человек. Еще 18 «бунтовщиков» после следствия были казнены, а 400 семей отправились в Сибирь — но медные деньги были отменены.
«Тишайший» царь превратился из богомольца в воина. Летом 1655 года из занятой русскими войсками столицы Литвы Алексей Михайлович отправил домой письмо: «Надеяся на отца нашего... Никона... пойдем к Оршаве (Варшаве. —
Но военное счастье оказалось переменчивым — царская армия не смогла взять Ригу. Речь Посполитая сумела собрать силы и перейти в наступление, а на Украине после смерти гетмана Богдана Хмельницкого началась борьба сторонников и противников Москвы. В битвах при Полонке и Чуднове (1660) русские войска потерпели поражение: там полегли лучшие силы поместной конницы, а главнокомандующий В. В. Шереметев оказался в татарском плену. Вслед за тем московская армия оставила почти всю Белоруссию. Местная шляхта и мещане не горели желанием быть подданными русского царя — различие между московскими и литовскими порядками было уже слишком велико. На Украине же полыхала гражданская война — «Руина», одновременно действовали два, а то и три гетмана с разной политической ориентацией.
Война с Польшей закончилась «вничью»: Андрусовское перемирие (1667) разделило Украину по Днепру на польскую и российскую.
С Никоном Алексей Михайлович справился, но подчинить церковь в то время ещё не удалось; более того, царь пошёл на уступки: освободил духовенство от светского суда. Взамен оно внесло свой вклад в сакрализацию царской власти: Алексея Михайловича в церковных службах при жизни называли «святым» и поминали вместе со всем его родом. Роду же не очень везло: к 1670 году скончались трое царских сыновей, в том числе уже объявленный наследником Алексей Алексеевич; двое оставшихся — Фёдор и Иван — были слабы здоровьем.
То здесь, то там звучали отголоски Смуты — появлялись самозванцы и «возмутители», объявлявшие Алексея Михайловича происходящим «не от прямого царского корени». Непочтительные подданные в подпитии могли, как смоленский мещанин Мишка Шершов, заявить: «Есть де и на великого государя виселица». В Молдавии объявился новый «сын» умершего бездетным Василия Шуйского — на самом деле московский подьячий Тимофей Акиндинов. За «многое воровство» (растрату 200 рублей казённых денег) он попал под следствие: «стоял он на правеже на Москве, и били его палкою по ногам, и он, того правежу не стерпя, зжог дом свой и жену свою и збежал». Оскорблённый подьячий, по словам приятеля, «назвался государ-ским сыном Шуйским... потому что он звездочётные книги читал и острономейского учения держался... и та де прелесть на такое дело его и привела». Из Молдавии он перебрался в Турцию и принял ислам, затем попал в Рим и стал католиком, но нигде не нашёл поддержки. Акиндинов отбыл в Швецию, там стал лютеранином и колесил по Европе, пока в 1653 году власти Голштинии не выдали его России. После допросов мнимый сын неудачливого царя Василия был четвертован.
Были и самозванцы другого типа — можно сказать, выходцы из народа. Их поведение отражало особые представления крестьян о роли и значении царской власти. Когда реальная политика расходилась с этими представлениями, то воспринималась как искажение царской воли злыми боярами. Тогда и возникала тень «истинного» государя. Так, в августе 1670 года во время восстания Степана Разина перед атаманом предстал человек, назвавшийся государевым сыном Алексеем (на самом деле царевич незадолго до того умер).
Скорее всего, атаман потребовал от «Алексея Алексеевича» доказательств его «подлинности» — и получил их. Даже после ареста Степан Тимофеевич по дороге в Москву надеялся, что будет говорить с самим государем. Кто был загадочный «царевич», до сих пор неизвестно — материалы следствия не сохранились...