Но Выговскому было далеко до Хмельницкого. Народ за ним не пошел. Хуже того, против него поднялась практически вся Восточная Украина, на помощь которой царь Алексей Михайлович отправил князя Григория Ромодановского с двадцатью тысячами московского войска. Украина разделилась на две части – Левобережную и Правобережную. На левом берегу договор о воссоединении Украины с Россией отстаивали киевский воевода В.Б. Шереметев, князь Г.Г. Ромодановский и наказной (временный) гетман Левобережья Иван Беспалый. На правом берегу власть принадлежала полякам и Выговскому с его единомышленниками по Гадячскому соглашению.
Вероятность новой войны Московии с Польшей, забывшей по обыкновению о своем обещании избрать царя Алексея в качестве наследника польского престола, становилась абсолютной реальностью, в связи с чем царским дипломатам, чтобы сосредоточиться на предстоящей войне, пришлось, отказавшись от всех прибалтийских приобретений, заключить 20 декабря 1658 года трехлетнее перемирие со Швецией.
А тем временем бои с переменным успехом уже шли под Минском и Вильно, под Полтавой и Лохвицей. Но шок в московских и промосковских кругах вызвало поражение под Конотопом сильной русской армии князя А.Н. Трубецкого, на протяжении двух месяцев безуспешно осаждавшей город. Казаки Выговского, ногаи, крымские и аккерманские татары, пришедшие на выручку осажденным, заманили русскую конницу в западню и полностью ее уничтожили 28 июня 1659 года. Были убиты и пять тысяч человек, взятые в плен в ходе этого сражения. Впрочем, крымский хан, не желавший начинать большую войну с Москвой, изрядно пограбив украинские села и попленив их жителей, преспокойно удалился за Перекоп.
Не пошла впрок эта победа и гетману, количество его противников увеличивалось с каждым днем, и не только на левом берегу. Дело дошло до того, что на раде в Германовке ему пришлось сложить с себя полномочия и спасаться бегством. В результате гетманом Правобережья 11 сентября вновь был избран недееспособный Юрий Хмельницкий, за спиной которого стояла группа старшин во главе с Петром Дорошенко, относительно лояльно относившаяся к московскому царю.
Князю Трубецкому удалось заманить Хмельницкого к себе в Переяславль и убедить его в целесообразности созыва рады, с тем чтобы избрать единого гетмана. Но если сторонники Хмельницкого на выборах гетмана «всея» Украины победили, то их предложения об ограничении полномочий Москвы на территории Украины не прошли. Напротив, по дополнительным к Переяславской раде 1654 года статьям они даже увеличивались за счет размещения новых гарнизонов московских войск по обеим сторонам Днепра и ограничения прав старшин в пользу преданных царю рядовых казаков.
Само собой разумеется, что установившееся положение вряд ли можно считать стабильным и надежным: между «чернью» и старшинами, между пропольским Правобережьем и промосковским Левобережьем наметились такие противоречия, что их разрешение растянулось на века. Но этот статус-кво какое-то время продержался, по крайней мере до тех пор, пока не понадобилось кровью доказать свою приверженность союзу русских народов. В августе 1660 года Шереметев и Хмельницкий с целью упрочения своего положения на Правобережье двумя отдельными колоннами двинулись по направлению ко Львову. Предстоящую операцию не удалось сохранить в тайне, и поляки, поддерживаемые 60-тысячным татарским войском, воспользовались этой разобщенностью: в районе Чуднова на Волыни они блокировали корпус Шереметева. Оставшийся безучастным к судьбам Русской армии Хмельницкий вскоре вступил в переговоры с поляками и 9 октября подписал договор о возвращении Украины под юрисдикцию польского короля, но уже без прав автономии, обещанных Гадячским соглашением.
Через две недели, находясь в безвыходном положении, русские войска капитулировали. Поляки, оставляя у себя в качестве заложников плененное войско, потребовали вывода всех московских ратных людей из Украины. Однако царские воеводы не считали войну проигранной и поэтому отказались выполнять эти требования. Естественно, что в этом случае все русские воеводы, драгуны и стрельцы автоматически перешли в категорию военнопленных. Самого Шереметева ждали двадцать лет татарской неволи.