Это был шок. То, о чем предупреждали стрельцы, свершилось: русскому благочинию приходил конец. Но тирания никогда не любила умных и самостоятельных людей: для нее они представляют смертельную опасность, а поэтому подлежат уничтожению. К тому же расправа со стрельцами должна была послужить хорошим уроком для бояр и дворян, оплакивающих свои бороды, длиннополые охабни и однорядки, сломить их сопротивление государевым нововведениям.
В середине сентября начался повторный розыск по делу стрельцов, отличавшийся неслыханной жестокостью. Под пытками были вырваны признания о том, что переписка стрельцов с царевнами действительно существовала, что стрельцы просили Софью взять бразды управления государством в свои руки и что она сама поощряла их к этому. Судьба несчастных была предрешена. Казни начались 30 сентября и продолжались до 21 октября. В этот промежуток времени было казнено, как утверждает С.М. Соловьев, 976 человек. Причем в казнях принимали участие как профессиональные палачи, так и царедворцы, которых Петр хотел «повязать кровью». Борис Голицын своим неумением держать топор в руках только усугубил страдания своей жертвы; Федор Ромодановский отсек четыре головы; Алексашка Меншиков, входивший в фавору, с легкостью обезглавил 20 человек, и, говорят, сам царь «размял свои богатырские плечи» на пяти стрельцах. Пять месяцев трупы казненных валялись на месте казни в назидание и устрашение другим.
Так царь-батюшка отблагодарил стрельцов, чьим ратным подвигом два года назад была одержана его первая виктория. Но это была только первая волна казней, время второй пришло в феврале следующего года, когда на плаху были отправлены еще несколько сотен человек, замешанных в стрелецком бунте. Те же из московских и азовских стрельцов, кто не принимал участия в беспорядках, были распущены и выселены из Москвы вместе с семьями. Военная карьера для них была закрыта навсегда.
Не остались безнаказанными и царевны. Марфу Алексеевну постригли под именем Маргариты в Успенском монастыре печально знаменитой Александровской слободы, а Софью Алексеевну – под именем Сусанны в Новодевичьем монастыре, приставив ей охрану из сотни солдат.
В разгар розыска по делу стрельцов Петр совершил кощунственный поступок, надругавшись над святостью брака. Без каких-либо видимых причин он насильно отправил в суздальский Покровский девичий монастырь свою первую жену Евдокию Федоровну Лопухину, которая через год насильственно же будет пострижена под именем Елены. Причина этого поступка была в том, что не вписывалась эта патриархально воспитанная женщина, навязанная ему в жены девять лет назад, с ее отживающими взглядами на семейную жизнь в планы царя-реформатора. В глазах мужа она проигрывала Анне Монс, английской актрисе и другим доступным женщинам, с которыми Петру довелось общаться в заграничном путешествии. Не принимала она участия и в забавах своего супруга. Петра не остановило и то обстоятельство, что Евдокия воспитывала наследника престола, их общего сына, царевича Алексея, на которого отец из-за нелюбви к своей жене не обращал никакого внимания. Дальнейшее воспитание вынужденного сироты было поручено тетке его, царевне Наталье Алексеевне.
После краткой поездки в Воронеж для инспекции кораблестроительного дела Петр продолжил насаждение на Русской земле западно-европейских порядков. В январе 1699 года появляется царский указ об учреждении Бурмистрской палаты, в ведение которой передавались «расправные, челобитные и купецкие» дела, в том числе сбор государственных податей с посадских, купеческих и промышленных людей, проживающих в городах, кроме Москвы, а также в волостях, селах и деревнях, принадлежащих самому государю. Мера эта, как сказано в тексте самого указа, была направлена против обид, поборов, взяток и других злоупотреблений со стороны воевод и приказных людей. Горожанам, а также государевым уездным и промышленным людям предлагалось, «буде они похотят», избрать из своей среды «добрых и правдивых людей земских», которые приняли бы на себя ведение этих дел. Предполагалось, что бурмистры и другие выборные люди не будут такими корыстными, как воеводы и приказные люди, а реформа окажется настолько полезной и выгодной, что за переход на новую систему местного управления торговые и промышленные люди будут с радостью платить двойную ставку налогов.
Но практика показала, что и земские выборные не прочь поживиться за чужой счет. Тогда Петр поручил худородному Алексею Курбатову, изобретшему новый способ пополнения царской казны за счет продажи гербовой бумаги, взять под свой надзор и опеку это новое ведомство.
К этому же времени относится и царское предписание русским купцам объединиться, по примеру их западных коллег, в торговые компании, для того чтобы они могли успешно конкурировать и расширять свой рынок сбыта, что должно было увеличить их прибыль, а следовательно, и налоговые отчисления в казну.