После этого чудовищного убийства в юденрат (орган местного самоуправления гетто, созданный немцами) поступил приказ собрать вместе 3000 евреев, не имеющих разрешения на работу, с семьями для последующего размещения в другом гетто, которое также было ликвидировано в период с 15 сентября по 21 октября 1941 года. Таким образом, были изолированы те, у кого не было разрешения на работу, и женщины с маленькими детьми. Из них было отобрано шестьсот человек для перевода в другое гетто; остальные были заключены в тюрьму Лукишки на улице Страшун Гас, а затем расстреляны в Понарах силами зондеркоманды. Впрочем, двум тысячам евреев удалось бежать и тайно вернуться в виленское гетто.
Обнаружив, что не все евреи Вильно были уничтожены, немцы отключили в городе телефонную связь и запретили доставку почты. Оба гетто были обнесены оградой, у входа на огражденную территорию выставлены солдаты СС, а окна, выходившие на остальную часть города, замурованы. Очередная акция уничтожения была проведена на праздник Йом Кипур 1 октября 1941 года. В полдень во втором гетто начались аресты молившихся и постящихся; всего были задержаны и заключены в Лукишки 1700 человек Вечером еще тысячу евреев выволокли из домов. Тем, кто не предъявлял разрешения на работу, угрожали расстрелом на месте, и в конце концов 2220 человек, имевших такое разрешение, покорились приказу, надеясь на пощаду. 2 октября они также были помещены в Лукишки, а на следующий день эсэсовцы отобрали из их числа тех, кто владел нужными им профессиями, и оставили в гетто. Остальные были расстреляны в Понарах.
Ликвидация гетто была завершена в период с 3 по 21 октября. Как и раньше, немцы действовали обманом, сказав своим жертвам, что переводят их в другое гетто{126}.
Таким образом, все обитатели второго гетто были уничтожены. Туда были переведены оставшиеся 9000 виленских евреев, к которым присоединились беженцы из первого гетто, укрывшиеся на чердаках, в подвалах и бункерах. Впоследствии второе гетто было также ликвидировано в несколько этапов с 22 октября по 22 декабря 1941 года.