19 января в Москве были убиты адвокат Станислав Маркелов, получивший известность во время суда по «делу полковника Буданова» (он защищал интересы семьи Эльзы Кунгаевой, убитой полковником), и журналистка Анастасия Бабурова. По подозрению в убийстве в ноябре были задержаны бывшие члены националистической организации «Русское национальное единство» Никита Тихонов и его подруга Евгения Хасис. В 2011 г. суд признал их виновными.
25–27 января прошел внеочередной Архиерейский собор Русской православной церкви. Поместный собор Русской православной церкви избрал нового Патриарха Московского и Всея Руси. Им стал Митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, интронизация которого состоялась 1 февраля.
28 января Басманный суд Москвы санкционировал арест Евгения Чичваркина по обвинению в организации похищения человека и вымогательстве. Сам предприниматель объяснял интерес правоохранителей местью с их стороны, а к моменту санкции на арест уже месяц находился в Лондоне, где и остался. Компания «Евросеть» к тому времени уже была продана структурам, близким Александру Мамуту. Следственный комитет Российской Федерации прекратил уголовное дело в отношении Чичваркина спустя два года, 24 января 2011 г.
В январе на Алтае разбился вертолет с группой браконьеров на борту. Браконьеры оказались высокопоставленными чиновниками – полномочный представитель президента в Госдуме Александр Косопкин, вице-премьер Республики Алтай Анатолий Банных, главный защитник животных Алтая Виктор Каймин и другие. Из 11 пассажиров погибли семеро, рядом с их телами были обнаружены убитые архары, занесенные в Красную книгу.
28 марта в подземном гараже элитного комплекса Jumeirah Beach Residence города Дубаи (ОАЭ) на Сулима Ямадаева было совершено покушение. Злоумышленник трижды выстрелил Ямадаеву в спину.
В марте российская финансово-промышленная группа АФК «Система» довела свою долю в предприятиях башкирского ТЭК, в частности «Башнефти», до контрольной, заплатив за это в общей сложности $2,5 млрд. Продавцами выступил ряд компаний, по неофициальным данным, контролируемых сыном тогдашнего президента Башкирии Уралом Рахимовым.
2 апреля мировой финансовый кризис обсуждался на Лондонском саммите G-20.
16 апреля 2009 г. в Чечне отменен режим контртеррористической операции, действовавший с 1999 г. Однако террористическая война на этом не закончилась – она уже давно вышла за пределы Чечни.
21 апреля Преображенский суд Москвы удовлетворил ходатайство адвокатов Светланы Бахминой и постановил условно-досрочно освободить Бахмину. Суд пришел к выводу о том, что «Бахмина доказала свое исправление и не нуждается в дальнейшем отбывании наказания». Светлана Бахмина, экс-юрист ЮКОСа, мать двоих малолетних детей, провела в заключении почти три года. В тюрьме родила дочь. Освобождения удалось добиться со второй попытки.
27 апреля пьяный майор милиции Денис Евсюков расстрелял таксиста и посетителей супермаркета «Остров». Погибли два человека, еще семь получили ранения. В результате инцидента в отставку были отправлены несколько милицейских начальников, включая главу ГУВД Москвы Владимира Пронина.
В ночь с 9 на 10 мая на Озерной улице в Москве произошел взрыв газопровода. Высота пламени достигала 100 м, на близлежащем кладбище горели деревья и плавились памятники, языки пламени были видны на расстоянии свыше 50 км, пострадали пять человек
10 мая на Байкале разбился вертолет Bell 407, совершавший не согласованный с наземными службами полет. На борту находились губернатор Иркутской области Игорь Есиповский и первый зампред правительства области Михаил Штонда, которые, как предполагают, вылетели для нелегальной охоты на медведей. Оба погибли вместе с пилотом и телохранителем.