Еще в августе 1997 г. Счетная палата РФ провела ревизию финансово-хозяйственной деятельности авиакомпании «Аэрофлот» и выявила серьезные нарушения в отчетности компании. В январе 1999 г. Генпрокуратура РФ возбудила по материалам проверки уголовное дело, а 6 апреля первому заместителю гендиректора «Аэрофлота» и другу Березовского Николаю Глушкову и ряду других руководителей компании, а также самому Борису Березовскому как акционеру было предъявлено обвинение в незаконной предпринимательской деятельности и отмывании денег. По данным следствия, с 1996 по 1999 г. на счета швейцарской фирмы Andava и Финансовой объединенной корпорации (ФОК) было незаконно перечислено $252 млн, выведенных из оборота «Аэрофлота».
4 ноября 1999 г. обвинения с Березовского были сняты и уголовное дело в отношении него прекращено, но 5 декабря 2000 г. новый следователь переквалифицировал обвинение: теперь речь шла о «хищении в составе организованной группы путем мошенничества». А в мае 2000 г. швейцарские власти передали в Генпрокуратуру РФ документы, изъятые в рамках расследования у компании Forus. У дела «Аэрофлота» открылось второе дыхание. Борис Березовский проходил по делу свидетелем, его несколько раз вызывали на допрос к следователю, уточнявшему детали. А вскоре он узнал о «равноудалении» своего давнего неприятеля Гусинского.
Поразмышляв месяц, Борис Березовский взорвал очередную медиабомбу: 17 июля 2000 г. он демонстративно сложил с себя полномочия депутата Госдумы от Карачаево-Черкесии. Среди причин демарша он указал такие, как несогласие с реформами Путина, политические проблемы в Карачаево-Черкесии и желание избавиться от депутатской неприкосновенности, чтобы приобщиться к другим олигархам. Сделав свой ход, он стал ждать ответа от государства. Через три с половиной месяца ответ последовал: Генпрокуратура официально предупредила Бориса Березовского, что 13 ноября ему будут предъявлены обвинения в тяжких преступлениях и его, скорее всего, арестуют.
Находившийся в тот момент за границей олигарх принял решение не возвращаться в Россию, о чем традиционно уведомил общественность открытым письмом. Он, в частности, писал: «Я принял тяжелое решение – не возвращаться на допрос в Россию. Я решился на этот шаг в связи с постоянно усиливающимся давлением на меня власти и лично президента Путина. По существу, меня вынуждают выбирать – стать политзаключенным или политэмигрантом… Политики руководствуются целесообразностью, поэтому главное в этом конфликте – мои принципиальные разногласия с президентом по фундаментальным вопросам развития России… Если Путин будет продолжать свою губительную для страны политику, его режим не просуществует до конца первого конституционного срока…»
Проиграв российскому государству политически, Борис Березовский постепенно начал проигрывать и экономически. Находясь за границей, эффективно управлять российскими активами он, конечно, не мог, поэтому от них надо было избавиться с наибольшей выгодой. Но политэмиграция – не лучшая позиция для переговоров.
Переговоры о продаже 49 % акций ОРТ, принадлежащих Березовскому, шли всю осень 2000 г. В декабре Генпрокуратура арестовывала друга Березовского, бывшего замгендиректора «Аэрофлота» Николая Глушкова, по обвинению в мошенничестве с финансами авиакомпании. Как утверждал позже сам Березовский, его вынуждали продать акции ОРТ, обещая взамен выпустить Глушкова под подписку о невыезде. В январе 2001 г. стало известно, что Березовский свою часть сделки выполнил (что примечательно, при посредничестве Романа Абрамовича), но Глушков остался в тюрьме.
Следующий обмен любезностями состоялся в апреле 2001 г.: Березовский направил журналистам НТВ письмо, в котором заявил о готовности «незамедлительно приступить к выполнению всех необходимых процедур, позволяющих опальному (после истории с Гусинским) коллективу НТВ выходить на телеканале ТВ-6». Далее Березовский выступил в «Коммерсанте» с открытым письмом «Остановитесь!», где он писал: «Опомнитесь! Каюсь. Тоже виноват. Меня развели самого первого. Не учел его, Путина, чекистскую заточку». А затем стало известно, что Генпрокуратура возбудила новое дело против Николая Глушкова – по факту попытки побега из больницы, который, как утверждало следствие, организовали Борис Березовский и гендиректор ТВ-6 Бадри Патаркацишвили.
20 июля 2001 г. Генпрокуратура объявила об окончании следствия по делу «Аэрофлота». Но в августе того же года в отдельное производство было выделено дело швейцарской компании Forus, заочным обвиняемым по которому стал политэмигрант Борис Березовский. А в конце октября Березовского объявили в федеральный розыск.