25 октября 2003 г. около 5 утра в новосибирском аэропорту Толмачево Михаил Ходорковский был арестован. Бойцы из местного подразделения антитеррористической группы «Альфа» ФСБ РФ и сотрудники Генпрокуратуры поднялись на борт самолета, выбили дверь в первый салон и с криками «ФСБ, руки вверх, сидеть, не двигаться, проверка документов! Оружие на пол, будем стрелять!» ворвались туда. Один из силовиков обратился к Михаилу Ходорковскому: «У нас приказ, пройдемте с нами». В 7:20 Ходорковского спецрейсом отправили в Москву. Примерно в час дня кортеж автомобилей с включенными мигалками доставил его в следственное управление Генпрокуратуры.
Проблемы у ЮКОСа начались еще летом. Партнер Михаила Ходорковского и совладелец контрольного пакета акций ЮКОСа Платон Лебедев был арестован 2 июля 2003 г.
К началу арестов Михаилу Ходорковскому принадлежало 9,5 % акций Group MENATEP, владевшей 61 % акций НК «ЮКОС». Учитывая, что он был бенефициарием еще 50 % акций Group MENATEP, стоимость принадлежавших ему бумаг ЮКОСа в начале июля 2003 г. составляла $10,4 млрд. Около 8 % акций Group MENATEP на сумму $1,39 млрд принадлежали Леониду Невзлину, 7 % ($1,2 млрд) – Платону Лебедеву. Такими же пакетами владели президент ОАО «ЮКОС-Москва» Василий Шахновский, и. о. президента ОАО «ЮКОС-РМ» Михаил Брудно и председатель налогового подкомитета Госдумы Владимир Дубов.
Шахновский был арестован 17 октября, но отпущен под подписку о невыезде. Невзлину, Брудно и Дубову были предъявлены обвинения в соучастии в убийствах, уклонении от налогов и хищении. Все трое покинули Россию и были объявлены в международный розыск.
В рамках так называемого первого дела ЮКОСа Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены обвинения в организации преступной группы, хищении акций, мошенничестве, уклонении от уплаты подоходного налога, уклонении от уплаты налога организаций, причинении имущественного ущерба, злостном неисполнении решения суда, а также в растрате. Ущерб от действий одного только Ходорковского, по версии обвинения, превысил $1 млрд.
Кроме того, с ЮКОСом (а значит, и с его руководством) прокуратура связывала и другие преступления: покушение на управляющего нефтяной компанией East Petroleum Handels GmbH Евгения Рыбина; убийства: мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, директора нефтеюганского строительного предприятия «Монолит» Николая Филиппова, президента компании «Томск-Нефть-Восток» Александра Берлянда; похищение и убийство Сергея и Ольги Гориных; покушение на бывшую сотрудницу ЦОС банковской группы МЕНАТЕП, а позже пиар-службы мэрии Москвы Ольгу Костину. Правда, эти эпизоды в дело Ходорковского – Лебедева не попали. Обвинения в организации убийств и соучастии в них были предъявлены другим владельцам компании.
На 1 июля 2003 г. капитализация НК «ЮКОС» достигала $30,291 млрд, а 2 июля, в день ареста Лебедева, – $31,369 млрд. ЮКОС по этому показателю был крупнейшей российской компанией. Значит, при определенных обстоятельствах от него можно было многого добиться, например уступок госкомпании «Роснефть», которой руководил главный финансист «питерских чекистов» Сергей Богданчиков.
«Роснефть» и ЮКОС конфликтовали активно и на самом высоком уровне. Так, на встрече Путина с олигархами 19 февраля 2003 г. Ходорковский в качестве примера непрозрачной, а значит, потенциально коррупционной сделки привел покупку «Роснефтью» «Северной нефти».
О сути предъявленных Ходорковскому и Лебедеву обвинений спорили не так много. Во-первых, их считали чем-то вроде ширмы, скрывающей истинные причины происходящего. Во-вторых, мало кто разбирался в тонкостях приватизационного законодательства 1990-х гг., ценообразовании при посреднической продаже нефти и деталях независимого консультирования без образования юридического лица. Все ждали окончания суда.
Мещанский суд Москвы оглашал приговор по их делу почти две недели; 11 апреля 2005 г. был вынесен приговор: оба обвиняемых были признаны виновными и получили по девять лет колонии. После кассационной жалобы срок наказания по отдельным эпизодам был снижен до восьми лет, а некоторые эпизоды исключены из приговора за отсутствием состава преступления. Экс-глава Центробанка Виктор Геращенко, который, возможно, лучше других разбирался и в экономических, и в политических деталях «дела», сказал тогда: «После Ходорковского я не верю нашему правосудию» (интервью газете «Коммерсантъ», 29 октября 2008 г.).