Судьба самого ЮКОСа сложилась не менее драматично, чем судьба его руководителей. Пока шел суд, вопрос «Что будет с компанией?» задавался, пожалуй, так же часто, как и «Сколько дадут?». В конце мая 2004 г. Московский арбитражный суд постановил удовлетворить иск к ЮКОСу о выплате налоговой задолженности за 2000 г. на сумму 99,4 млрд руб. Произвести этот самый крупный в истории России единовременный налоговый платеж компания должна была в пятидневный срок. Так быстро заплатить $3,4 млрд непросто не только для преследуемой компании, но и для многих государств. Тем более что помогать ЮКОСу в этом деле государство не собиралось: активы компании были арестованы, и немедленно продать что-либо для погашения долга было невозможно. Фактически после решения арбитражного суда ЮКОС был побежден, и уже в июле 2004 г. победители могли решать, что делать с побежденным.
Положение Ходорковского за несколько месяцев, проведенных им в СИЗО, радикально изменилось. До майского решения суда он, как собственник одной из крупнейших нефтяных компаний России, был потенциальным субъектом переговоров со своими недоброжелателями, хотя сразу же после ареста объявил, что выходит из нефтяного бизнеса, слагает с себя обязанности председателя правления ЮКОСа и в дальнейшем не будет заниматься делами компании. После судебного решения его судьба почти целиком зависела от судьбы компании.
О полном уничтожении ЮКОСа речь не шла. Даже Владимир Путин 17 июня 2004 г. высказался за сохранение ЮКОСа как единой компании. Но по большому счету вариантов было всего три: банкротство, переход контрольного пакета новым владельцам и потеря добывающих активов.
Первый вариант рассматривать не хотел никто. Предложений по второму варианту было несколько. Летом 2004 г. тогдашний менеджмент компании во главе с Семеном Кукесом предложил провести допэмиссию, а акции либо напрямую передать государству как новому собственнику, либо продать потенциальным инвесторам. При этом Group MENATEP, владевшая 60 % акций ЮКОСа, лишалась контроля над компанией: после допэмиссии у нее осталось бы 30–40 % акций. В случае реализации этого плана ЮКОС переставал быть компанией Ходорковского и превращался в первую в России крупную нефтяную компанию, контрольным пакетом акций в которой не распоряжается никто.
Кстати, не обошлось и без разговоров об Абрамовиче. Ведь злоключения Михаила Ходорковского и его соратников начались со слияния ЮКОСа и его ближайшего конкурента – «Сибнефти». Первый сенсационный слух, который появился вокруг ЮКОСа после октябрьского ареста Ходорковского, – информация о претензиях акционеров «Сибнефти» (читай: Романа Абрамовича), а также бывшего главы администрации президента Александра Волошина на ключевые роли в управлении объединенной «ЮКОС-Сибнефтью». Правда, объединение ЮКОСа и «Сибнефти» усилиями последней в арбитражном суде де-факто было аннулировано, но переход Ходорковского в «младшие партнеры» Абрамовича рассматривался как вариант относительно мирного разрешения конфликта олигарха с властью.
По сути, вариант с передачей управления в ЮКОСе был для Group MENATEP чем-то вроде «условной конфискации имущества». Технически такую передачу можно было осуществить десятком способов, в том числе абсолютно непубличными, а требования МНС погасить из средств владельцев «Сибнефти». ЮКОС в ходе слияния с «Сибнефтью» заплатил за крупный пакет ее акций $3 млрд, то есть почти столько же, сколько требовал от ЮКОСа МНС. Такая комбинация давала Абрамовичу возможность и полностью разрешить конфликт, и заработать свежих денег.
Третий вариант был самым быстрым и легким: изъятие из компании ряда ее ключевых активов был вопросом нескольких недель. Продать можно было и Восточную нефтяную компанию, и АО «Самаранефтегаз» с ее нефтеперерабатывающими заводами, и подразделения ЮКОСа в Восточной Сибири, и даже газовую компанию «Роспан». К тому же распродажа ЮКОСа по частям исключала даже малейший намек на политический компромисс властей с Ходорковским. К этому времени государство перестало делать вид, что процесс над руководством ЮКОСа является вопросом исключительно правосудия и правоприменения. Министр экономического развития и торговли Герман Греф, комментируя журналистам дело ЮКОСа, заявил, что «политическая составляющая» в этом деле «не является главной», хотя, несомненно, присутствует.
Ближе к концу 2004 г. стало ясно, что реализован будет третий, самый неприятный для владельцев бумаг ЮКОСа, вариант. Для погашения долга была начата процедура продажи дочерней компании ЮКОСа – АО «Юганскнефтегаз». Уже 12 октября 2004 г. Минюст РФ принял решение о продаже «Юганскнефтегаза». Стартовая стоимость актива была обозначена суммой $10,4 млрд.