При этом оценки Ходорковского и Геращенко друг другу не противоречили. Они лишь подтверждали, что к лету 2004 г. ЮКОСа как субъекта сопротивления силовому давлению государства уже не существовало, были лишь несколько очагов корпоративной власти, представители которой не координировали свои действия. Более того, складывалось впечатление, что и атаку на ЮКОС единовластной назвать было нельзя. Судя по всему, делом ЮКОСа на каждом из его этапов управляли разные чиновники – каждый на свой лад. МНС посчитало это распоряжение основанием насчитать ЮКОСу максимальную сумму налогов. Близкие к власти бизнесмены – основанием рассмотреть активы ЮКОСа как свое потенциальное приобретение. Чиновники либерального крыла – возможностью увеличить налоговые поступления в бюджет. Чиновники силового крыла – возможностью национализировать компанию. Непосредственные исполнители в суде, в службе приставов, в Генпрокуратуре, в МНС – основанием для любых жестких действий в деле ЮКОСа для демонстрации служебного рвения и получения новых звездочек на погоны. При этом действия разных заинтересованных сторон зачастую противоречили друг другу. Хаос внутри ЮКОСа противостоял хаосу внутри власти.
Формально вся направленная на поиски компромисса деятельность закончилась 12 января 2005 г., когда Михаил Ходорковский заявил, что передал подконтрольные ему 59,5 % акций гибралтарской Group MENATEP в управление проживающему в Израиле другому ее совладельцу – Леониду Невзлину. «Я избавлен от ответственности за оставшийся бизнес и деньги группы вообще. Все, точка», – заявил он. В ответ Невзлин распространил заявление о том, что он «намерен действовать в интересах всех совладельцев ЮКОСа, используя для их защиты максимально эффективные механизмы». Это означало, что Group MENATEP займет более жесткую позицию в борьбе за имущество ЮКОСа.
К 2007 г. фронт борьбы за ЮКОС и за судьбу Ходорковского переместился в Страсбург, в Европейский суд по правам человека. В 2009 г. суд начал публиковать первые решения. Первое же из них, от 29 января, – по корпоративной жалобе ЮКОСа на российское правительство – оказалось очень жестким для России. Аргументы о том, что ЮКОС уже ликвидирован и поэтому дело не может быть рассмотрено, суд отклонил, признав приемлемой жалобу ЮКОСа на то, что налоговые претензии (по продаже «Юганскнефтегаза», а также в части удвоенных налоговых штрафов) предъявлялись с целью разрушения компании и отчуждения ее активов. Суд усмотрел и возможное нарушение права ЮКОСа на справедливое судебное разбирательство: компания вовремя не смогла получить и, соответственно, обжаловать решение суда о взыскании налогов, что привело к немедленному исполнению этого решения.
В мае 2009 г. коллегия судей Европейского суда по правам человека единогласно признала обоснованной личную жалобу экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского в отношении Российской Федерации (в той ее части, что его «уголовное преследование было политически мотивированным»).
Между тем в Хамовническом суде Москвы стартовал процесс по второму делу ЮКОСа, открытому тоже в 2004 г. Михаил Ходорковский и Платон Лебедев обвинялись в «хищении путем присвоения» чужого имущества в крупном и особо крупном размерах (почти 350 млн тонн нефти) с использованием служебного положения. Обвинение считало, что подсудимые в 1998–2003 гг. похитили нефти и нефтепродуктов на 892 млрд руб., а также легализовали средства от их продажи на сумму 450 млрд руб. и $7,5 млрд. По совокупности этих преступлений им грозило до 22 лет лишения свободы.
3 марта 2009 г. начались предварительные слушания, зимой 2009/10 гг. перешедшие в самую, пожалуй, интересную стадию – допрос свидетелей. Среди них оказались глава Сбербанка Герман Греф, министр промышленности и торговли Виктор Христенко, бывший премьер-министр Михаил Касьянов и, конечно, Виктор Геращенко. Правда, не оказалось премьер-министра Владимира Путина, о вызове которого в качестве свидетеля ходатайствовали адвокаты.
Во время слушаний Ходорковский и Лебедев неоднократно заявляли, что не понимают сути предъявленных им обвинений. Защита Ходорковского и Лебедева определила обвинение как «набор… бездоказательных утверждений о якобы совершенном хищении и легализации всей нефти, добытой за шесть лет деятельности НК «ЮКОС». По словам Ходорковского, то, что обвинение назвало «легализацией», представляло собой «отдельные примеры большого количества обычных сделок размещения (временного) средств вертикально интегрированной нефтяной компании “ЮКОС” казначейством компании на российском и международном финансовом рынке».
В ходе процесса обвинение придерживалось излюбленной тактики: было представлено гигантское количество документов, но при этом никак не объяснялось, что эти документы доказывают. Высокопоставленные же свидетели защиты фактически подтвердили: ни присвоения денежных средств, ни их отмывания в действиях «ЮКОСа» не было. Михаил Касьянов заявил, что деятельность этой и других нефтяных компаний тщательно контролировалась правительством и потому обвиняемые похитить нефть не могли.