Современно учреждению Туркестанского генерал-губернаторства, шли переговоры между эмиром и оренбургским генерал-губернатором о заключении мирного трактата, который, в общих чертах, удостоился Высочайшего одобрения и так как политическое полномочие на право ведения войны и заключения мира было передано новому начальнику туркестанского края, то трактат этот предоставлено было подписать генералу Крыжановскому, но только по совместном обсуждении и соглашении с генералом фон-Кауфманом. Проектированный трактат состоял из десяти статей, но генерал фон-Кауфман счел необходимым включить еще две: о свободном допуске во все города Бухарии и покровительстве русским торговым людям, а также о порядке будущих сношений эмира исключительно
только с туркестанским генерал-губернатором. Кроме того, право приобретения русскими подданными недвижимых имуществ в Бухарии было оговорено необходимостью иметь для этого разрешение от туркестанского генерал-губернатора. Наконец, по вопросу о границах, генерал фон-Кауфман счел возможным, и даже необходимым, уступить бухарцам только что взятую у них крепость Яны-Курган, расположенную по ту сторону Нуратынских гор, в 7 верстах впереди выхода из Джизакского ущелья. Нисколько не обеспечивая Джизак водою, крепость эта, выступающим из линии положением своим, как бы вызывала эмира на борьбу. Так как эмир прямо объявил нашим властям в Джизаке и повторял это в письмах к Крыжановскому, что он до тех пор не распустит войска, пока мы не очистим Яны-Кургана, то, не желая подавать повода к столкновениям и в видах упрочить давно желанный мир, генерал фон-Кауфман решился на эту уступку тем охотнее, что в письмах к эмиру, он обусловил эту уступку подписанием и исполнением со стороны эмира, заключенного нами договора, и потому отступление наше не могло бы быть истолковано как признак нашей слабости. Перечисленные выше изменения были приняты генералом Крыжановским и, подписанный им 14 сентября 1867 г., трактат был вручен Бухарскому послу. В статье 1-й устанавливалась новая граница Российской империи с Бухарою по хребту Кашгар-давану, со включением ущелья Джилан-уты, далее по Нуратынским горам до песков Кизыл-кум, оттуда к горам Букан-тау и наконец к устью Сырь-дарьи. В статье 2-й договаривающиеся стороны предоставляли себе право командировать доверенных лиц для точнейшего определения границ на месте; статья 3-я обязывала обе стороны принимать все меры для взаимного обеспечения против самовольных вторжений и набегов пограничных беков, шаек грабителей и т. п. статьею 4-ю подданным обеих договаривающихся сторон разрешался свободный пропуск во все города России и Бухарии; статья 5-я обязывала эмира уравнять наших подданных в платеже караванных и других сборов с подданными ханства; статья 6-я определяла право Русских подданных заводить, где пожелают, караван-сараи, ни для кого неприкосновенные; статья 7-я обязывала эмира допускать русских караван-башей {6} во всех городах, где это признается нужным; статья 8-я касалась права русских подданных селиться и приобретать недвижимые имущества в бухарских владениях, с разрешения туркестанского генерал-губернатора; статьею 9-ю требовалось, чтобы суд и расправа над русскими подданными, совершившими преступления в Бухаре, принадлежали не бухарским властям, а туркестанскому генерал-губернатору; статья 10-я обязывала эмира принять меры к обеспечению русских караванов от разбойнических нападений; статья 11-я определяла порядок будущих сношений, письменных и личных между договаривающимися сторонами; статья 12-я заключительная, касалась обоюдного обязательства хранить свято и ненарушимо подписанный трактат.