Штурм форта № II начался с взрыва под бруствером подведенной японскими самерами мины. Взрыв стал сигналом для первой атаки, а за ней последовало еще четыре. Японцам трижды удавалось врываться в русские окопы и каждый раз их оттуда выбивали штыковыми контрударами. Особенно отличились моряки-десантники под командованием капитана 2-го ранга Бахметьева. Ров форта был завален трупами атакующих. Штурм укрепления завершился тогда, когда атакующие в пятый раз японцы оказались почти полностью уничтожены картечным огнем русских орудий и ручными гранатами.
Одна из наступавших колонн японцев попала на фугасы, установленные близ форта № II, и понесла от их взрывов большие потери контуженными, ранеными и убитыми. Эффект подрыва фугаса превзошел все ожидания его установщиков: штурмовая колонна без приказа на то своих начальников в панике отхлынула назад.
Сильный бой произошел и за батарею на Курганной высоте. Его японцы (3-тысячный отряд добровольцев под командованием генерал-майора Накамуры) атаковали уже в сумерках, в 18 часов 30 минут, в надежде на то, что темнота поможет им внезапно ворваться на вершину горы. Но на подходе к Курганной штурмовую колонну обнаружили прожектором с Кладбищенской батареи и сразу же русская артиллерия открыла огонь по японцам. С Курганной высоты подходивших не видели, и сигнал тревоги прозвучал там с большим опозданием. Батарейцы стали занимать свои позиции в ту минуту, когда первые японские солдаты уже перескочили через бруствер.
В ходе рукопашной схватки батарейцам все таки удалось сделать несколько выстрелов в атакующих в упор, но под натиском превосходящих численно японцев русские артиллеристы стали отступать с Курганной высоты. Положение исправила подоспевшая на выручку рота моряков Квантунского экипажа, которая в дружной штыковой атаке отбросила штурмующих за бруствер укрепления. Однако нападавшие далеко не бежали, а залегли на склонах высоты.
Командовавший "ночной" штурмовой колонной генерал-майор Накамура был настойчив и тверд в решении победить. Он снова поднял своих добровольцев в яростную атаку, и те вновь оказались почти у самой вершины Курганной горы. В эту критическую минуту боя нападавшие просмотрели тот миг, когда у них на фланге и в тылу появились три десантные роты моряков - с "Победы", "Пересвета" и "Баяна" - 500 матросов во главе с лейтенантом Мясниковым. Десантники с возгласом "Ура!" лавиной обрушились на штурмующих и смели их с Курганной горы в ходе рукопашного боя.
Добровольческая штурмовая колонна генерал-майора оставила перед русской Курганной батареей 743 трупа своих солдат и 37 офицеров. Из этого числа 150 японцев были обнаружены сгоревшими на проволочном заграждении, через которое был пропущен ток высокого напряжения. Электрическое заграждение было оборудовано впереди Курганной батареи лейтенантом Кротковым, минным офицером эскадренного броненосца "Пересвет".
Штаб командующего осадной 3-й армией с одной из близлежащих высот наблюдал за ходом штурма русских укреплений Восточного фронта крепости. Когда генерал-полковник Маресукэ Ноги лично убедился что 3-часовой штурм, в котором участвовала почти вся его армия, провалился, он не стал вводить в бой две резервные колонны. В противном случае потери в людях могли оказаться еще большими. Единственное, на что он решился под вечер, так это на атаку Курганной высоты. Результатом третьего штурма Порт-Артура стал захват японцами открытого капонира №2, где они и закрепились.
Огонь японской артиллерии стал ослабевать и в 15 часов 35 минут совершенно прекратился. Остатки штурмовых колонн японской пехоты разрозненными группами под огнем русских орудий спешили возвратиться на исходные позиции. К своему дню рождения божественный микадо подарка из-под Порт-Артура так и не получил.
За один день боев на Восточном фронте японцы потеряли
4,5 тысячи солдат и офицеров. Потери защитников Порт-Артура оказались тоже велики, особенно от трехдневной артиллерийской бомбардировки. Некоторые стрелковые роты сибиряков в тот день перестали существовать. В 3-й роте 25-го Восточно-Сибирского стрелкового полка после третьего штурма крепости в строю остались только раненый командир роты в звании прапорщика, один унтер-офицер и один солдат. Моряки-десантники в ходе штыковых контратак и рукопашных схваток потеряли убитыми и ранеными 417 человек.
Потерпев поражение на Восточном фронте крепостной оборонительной линии, командующий японской осадной армией для последующего четвертого штурма выбрал гору Высокую. Она становилась ключом к Порт-Артуру, и обладание ею позволяло уничтожить броненосные корабли Тихоокеанской эскадры. Противник начал продолжительную бомбардировку горы Высокой и соседней с ней Плоской.