Генерал от инфантерии А.Н. Куропаткин как военный министр Российский империи и в скором времени командующий русской Маньчжурской армии, безусловно, переоценивал силы и возможности русских вооруженных сил на Дальнем Востоке. Равно как он и недооценивал реального противника - армию и флот Японской империи.
Вяло велись работы и по укреплению обороноспособности морской крепости Владивосток, особенно на острове Русском, который хорошо прикрывал вход в бухту Золотой Рог. Город, обладавший хорошо защищенной глубоководной внутренней гаванью, имел большую перспективу в будущем. Так, по переписи 1897 года во Владивостоке, кроме военных, проживала 21 тысяча человек, не считая одной тысячи корейцев и японцев, пяти тысяч китайцев.
Владивостокский крепостной район разделялся на две обособленные части: обширный полуостров Муравьева-Амурского, вытянутый с северо-востока на юго-запад, и остров Русский, отделенный от материка проливом Босфор Восточный. Глубоководная бухта Золотой Рог, хотя и небольшая по акватории, являлась удобнейшей стоянкой для военных кораблей, в том числе броненосных всех классов.
В крепости имелось семь деревоземляных укреплений с двойными валами, построенными в 1878-1880 годах. Четыре из них расплагались на высотах, непосредственно примыкающих к городу с севера, и два на полуострове Саперном острова Русский. Со временем эти временные городские укрепления из-за частых сильных ливней, ветров обветшали и были заброшены гарнизонным начальством.
Накануне войны Владивостокская крепость находилась явно в неудовлетворительном состоянии, особенно это касалось ее артиллерийской вооруженности и наличия долговременных крепостных сооружений, причалов морского порта. Военный министр А.Н. Куропаткин после посещения Владивостока со всей откровенностью записал в своем дневнике следующее впечатление:
"Общее впечатление неблагоприятное - не вижу идеи в применении к местности. Садили батареи и укрепления там, где по местности это было выгодно, не связывая общей идеей то, что делали... Артиллерийское вооружение в общем устарелых образцов".
Однако посещение военным министром Владивостока имело позитивный результат. Принимается ряд мер по усилению крепости, однако намеченные фортификационные работы к началу русско-японской войны не были завершены. Главная линия обороны, проходившая в 3-5 километрах от города и состоявшая из северного и южного фронтов, имела ряд укреплений, соединенных непрерывной оградой. С суши и со стороны Японского моря оборона города-крепости опиралась на пять фортов, три люнета, два редута, два временных укрепления и 11 открытых артиллерийских батарей. Эти владивостокские укрепления находились на материке. Во время русско-японской войны в крепости сооружено было много окопов, блиндажей и других сооружений полевой фортификации.
Сильным от природы форпостом Владивостокской крепости был остров Русский, с крутыми, обрывистыми берегами и с несколькими удобными, защищенными со стороны моря бухточками. В северной части острова Русский были сооружены два форта и пять открытых батарейных позиций. Близость к городу позволяла в трудную минуту усиливать гарнизон острова, а созданная система наблюдения и оповещения гарантировала безопасность от внезапного появления вражеского флота перед морской крепостью.
Главная линия крепостной обороны по своей дальности не обеспечивала защиту города Владивостока от артиллерийского обстрела японцами с моря. На вооружении крепости состояло 400 орудий, из них крепостных, крупнокалиберных было только 80.
Опасность состояла в том, что в случае японского десанта на юге Приморского края и осады Владивостокской крепости ее защитникам крайне трудно было бы вести с неприятелем контрбатарейную борьбу. Японская армия имела большой парк тяжелых осадных орудий, который насчитывал от 120 до 180 орудий.
Оставались нерешенными и многочисленные проблемы тылового обеспечения русских военных сил на Дальнем Востоке. Там не создавались предприятия оборонной промышленности, которые могли бы хотя бы частично обеспечивать действующую армию боеприпасами, снаряжением, производить ремонт вооружения и судовых механизмов. Потребность в военно-промышленной базе на Тихоокеанской окраине Российской империи обусловливалась и наличием всего одной Сибирской железной дороги, связывавшей Дальний Восток с центром страны.
Сибирская железная дорога, возводившаяся в крайне тяжелых географических условиях, еще не была достроена и обустроена. В силу этого она обладала крайне низкой пропускной способностью: в начале войны всего три пары воинских поездов в сутки. Лишь через пять месяцев количество поездов увеличилось до 7-8, а к концу войны оно достигло 14 пар в сутки. От Челябинска до Ляояна эшелон с войсками шел более 20 суток, из российской столицы до столицы КВЖД города Мукдена - около 50 суток. Русское командование при организации тыла Маньчжурской армии "забыло" использовать судоходные реки Амур и Сунгари.