Вступив в должность, Вирен доложил царскому наместнику: "Всякая попытка прорыва во Владивосток обречена на неудачу". После этого главнокомандующий перестал требовать выхода остатков Тихоокеанской эскадры в Желтое море для прорыва в Японское, к Владивостоку. Броненосные корабли, стоявшие во внутренней гавани на якоре, превратились в плавучие батареи, а их экипажи стали последним резервом осажденного порт-артурского гарнизона.
Новый, второй штурм Порт-Артура начался 6 сентября. Японская артиллерия произвела массированный обстрел позиций Восточного и, позднее, Северного фронта, главным образом Водопроводного и Кумирненского редутов, по которым сосредоточенный огонь вели 40 осадных и 84 других орудий. Артиллерийский огонь продолжался 6 часов. В районе Водопроводного редута упало до тысячи снарядов, превративших его в груду камней и исковерканных деревянных балок; были разбиты две противоштурмовые пушки и пулемет, прервана телефонная связь, гарнизон понес значительные потери.
Тем временем до трех батальонов японской пехоты с 4 полевыми пушками и 24 пулеметами сосредоточилось в близлежащих оврагах для атаки на редут. Мощный огневой налет не позволил защитникам Водопроводного редута помешать подготовке вражеской атаки на ближайших подступах к нему.
В 18.00 вражеский артиллерийский огонь прекратился и в атаку пошла пехота японцев, забрасывая обороняющихся ручными бомбочками. Штурмующих встретил интенсивный огонь остававшихся в строю после бомбардировки сотен солдат во главе с поручиком Длусским (большая часть сибирских стрелков из 11-й роты 26-го Восточно-Сибирского полка погибла при обстреле). Когда на Водопроводный редут подоспели подкрепления (4 стрелковые роты и рота пограничных стражников), среди его защитников в живых оставались всего 30 человек. Русские солдаты несколько раз поднимались в контратаки, чтобы отбросить японцев, которые упорно пытались обойти разрушенное укрепление с флангов.
Командир 9-й японской пехотной дивизии продолжал наращивать усилия штурмующих Водопроводный редут батальонов, вводя в бой все новые и новые резервы. К утру следующего дня положение последних защитников полевого укрепления стало отчаянным: иссякли запасы патронов и гранат, а на развалинах редутов оборонялись всего 11 измотанных солдат во главе с начальником пограничной стражи крепости подполковником П.Д. Бутусовым.
Генерал-майор Р.И. Кондратенко, видя, что дальнейшее удержание Водопроводного редута ведет лишь к большим людским потерям, в 5 часов утра приказал оставить его. По той же причине были покинуты Скалистый редут и траншеи между Скалистым и Водопроводным редутами. После этого штурмующий неприятель сосредоточил свои усилия на взятии соседнего Кумирненского редута. Его яростная бомбардировка продолжалась в течение двух часов, и к 7 часам утра укрепление превратилось в груду развалин. Из его гарнизона в живых осталось около 60 человек во главе с поручиками Дуниным и Окуневым.
Первая атака японцев на Кумирненский редут была отбита, но в ходе последующей около двух батальонов японской пехоты прорвались в наружный ров редута и буквально засыпали последних защитников укрепления ручными бомбочками. Кумирненский редут был захвачен штурмующими, и попытка выбить их оттуда успехом не увенчалась.
Водопроводный и Кумирненский редуты были полевыми укреплениями и играли роль передовых в системе крепостной обороны. Охваченные противником с трех сторон и атакованные силами целой пехотной бригады при поддержки огня 128 орудий, они не могли быть удержаны без больших потерь. Поэтому генерал-майор Р.И. Кондратенко не посчитал в данном случае их дальнейшее удержание необходимым, поскольку они выполнили свое предназначение еще в ходе первого штурма Порт-Артура. Взятие их обошлось японцам потерями более чем 1500 человек. Теперь усилия русского гарнизона сосредоточивались для борьбы на главном оборонительном поясе крепости.
Одновременно с боем за Водопроводный и Кумирненский редуты начался бой за горы Длинная и Высокая. Особенно жестокие схватки разгорелись у последней высоты. Гора Высокая несколько выдавалась из линии крепостных укреплений и была самой высокой в этой части окрестностей Порт-Артура. В свое время крепостное командование не оценило должным образом ее тактическое значение. К строительству полевых укреплений приступили здесь только в мае, и то после настойчивых требований генерала Кондратенко. Каменистый грунт сильно затруднял саперные работы.
В сентябре высоту опоясывало две линии окопов без бруствера с проволочными заграждениями. Обороняли гору три стрелковые роты сибиряков и рота моряков Квантунского экипажа с четырьмя пулеметами и семью орудиями, которые стояли на вершине Высокой на открытой позиции и выглядели хорошей мишенью для вражеских батарей. Редут на высоте выстроен не был.